中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室，成立于2008年12月，其前身为中国科学院微生物研究所病毒学研究室。

中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室成立于2008年12月，其前身为中国科学院微生物研究所病毒学研究室。其战略定位为：面向国家战略需求，开展重要病原微生物与免疫生物学的基础与应用基础工作，着重于动物源性病原跨种间传播、分子进化研究，揭示病原-宿主相互作用的分子机制，为传染病防控与免疫生物学发展提供基础性、前瞻性的技术与理论支撑，坚持源头创新，推动相关技术产业发展。

1.禽流感、猪链球菌等动物源性病原分子进化及跨种间传播机制。

2.动物源性病原与宿主相互作用、免疫应答与T细胞识别机制及新型抗感染药物

3.结核杆菌、乙肝病毒侵染机理、致病机制及治疗研究。

4.抗病毒免疫的信号转导通路、病毒诱发肿瘤的分子机制与肿瘤免疫学。

1．耐药结核分枝杆菌的分子流行病学和耐药机制研究

2．人肠道菌群的元基因组学研究以及人肠道病原菌的分离、鉴定，及其耐药和致病机制研究

2021年12月，中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室被全国科技系统抗击新冠肺炎疫情表彰工作领导小组办公室拟表彰为“ 全国科技系统抗击新冠肺炎疫情先进集体”。