中国科学院新疆生态与地理研究所是中国科学院下属在新疆的科研机构。

1958年，中国科学院新疆分院生物研究室、土壤研究室、地理研究室成立。

1961年，在上述三室和中国科学院新疆综合考察队等三支考察队的基础上，成立了中国科学院新疆水土生物资源综合研究所。

1965年，中国科学院新疆水土生物资源综合研究所分建为新疆生物土壤研究所（1974年更名为新疆生物土壤沙漠研究所）和新疆地质地理研究所（1970年改制为新疆地震大队，1978年恢复新疆地理研究所）。

1998年7月7日，根据中国科学院党组关于结构性调整的战略部署和建设国家创新体系的战略决策，新疆生物土壤沙漠研究所和新疆地理研究所实现联合重组，成立中国科学院新疆生态与地理研究所。

1999年1月，中国科学院新疆生态与地理研究所进入中国科学院第二批基地型研究所试点单位。

2001年7月，中国科学院新疆生态与地理研究所正式纳入中国科学院知识创新工程二期试点单位。

2015年7月，中国科学院新疆生态与地理研究所签署了特色研究所《改革发展任务书》，正式进入特色研究所试点建设。

2018年7月，中国科学院新疆生态与地理研究所顺利通过中国科学院特色所验收。

2019年5月，中国科学院新疆生态与地理研究所新疆旅游大数据中心楼项目正式开工。

2023年8月，中国科学院新疆生态与地理研究所新园区建设项目启动仪式在十二师三坪农场举行。

截至2022年底，中国科学院新疆生态与地理研究所共有职工539人，其中岗位聘用360人、项目聘用68人（包含特别研究助理及博士后52人），客座及访问学者111人。

中国科学院院士（专职）：肖文交

国家杰出青年科学基金获得者：肖文交、李彦、孙福宝

国家优秀青年科学基金获得者：段伟利、李诺、乔庆庆

据2024年2月研究所官网数据，中国科学院新疆生态与地理研究所建有多个研究所内设研究单元。在中国国内建有12个野外观测研究站（其中3个为国家站），在中亚、伊朗和蒙古国建有19个国际联合野外观测研究站；建有院大型仪器区域中心、文献信息中心、新疆自然博物馆等支撑平台。并建有多个研究中心等。

国家重点实验室：荒漠与绿洲生态国家重点实验室

国家工程技术研究中心：国家荒漠-绿洲生态建设工程技术研究中心

农业农村部重点实验室：农业农村部盐碱地生物资源与评价利用（西北内陆盐碱地）重点实验室

中国科学院海外研发机构：中国科学院中亚生态与环境研究中心

自治区级重点实验室：新疆干旱区水循环与水利用重点实验室、新疆干旱区环境污染与生态修复重点实验室、新疆矿产资源与数字地质重点实验室、新疆荒漠植物根系生态与植被修复重点实验室、新疆抗逆植物基因资源保育与利用重点实验室、新疆遥感与地理信息系统应用重点实验室、新疆干旱区生物多样性保育与应用重点实验室

自治区级工程中心：新疆污染控制与废弃物处置工程中心、新疆干旱区特色经济植物工程技术研究中心、新疆数字遗产与智慧旅游工程技术研究中心

所属研究中心或研究平台：中日干旱区生态联合研究中心、干旱区生物多样性保育与研究中心、东非自然资源与环境联合研究中心、新疆矿产资源研究中心、中德干旱区生态与环境联合研究中心、新疆旅游研究院、中国-比利时地理信息联合实验室、丝路绿色发展研究中心、泛非“绿色长城”研究中心、“一带一路”国际科学组织联盟荒漠化防治专题联盟、标本馆、中波生态与环境联合研究中心、新疆自然博物馆、中国-塔吉克斯坦生物资源保育与可持续利用联合实验室、干旱区生物多样性保护联合体、中哈遥感技术与应用联合实验室

据2024年2月研究所官网数据，中国科学院新疆生态与地理研究所公共技术服务中心设备总值超过5649.65万元，拥有电子探针显微分析仪、毛细管电泳、便携式气相色谱质谱联用仪、X射线荧光光谱仪、总有机碳分析仪、激光共聚焦显微镜、高速全自动氨基酸分析仪、全自动高效薄层色谱、超临界制备色谱等。

据2024年2月图书馆官网数据，中国科学院新疆分院文献信息中心拥有收藏书刊文献85万余册，其中期刊36万余册，图书49万余册，另外收藏新疆特色资源文献75万件。包括《中华百科全书》《调研报告库》《新疆统计年鉴》等检索、全文类光盘等；另有随书光盘和示范光盘。拥有万方数据、重庆维普和CNKI国内三大数据库系统。购买了国家图书馆及方正中文电子图书、国研网资源库(镜像)，另外还购买了国外网络数据库30余个，开通了：Springer Link全文数据库（自科综合类）、Elsevier全文数据库（自科综合类）、ACM Digital Library全文数据库（计算机与自动控制类）、ACS（美国化学学会）全文数据库、AGRICOLA PlusText（农业及其相关学科）全文期刊数据库；CSA（剑桥科学文摘）、EI Compendex Web（工程索引）、PQDD-B数据库（UMI博士硕士论文）、GEO-ref（地学参考）数据库等中国国外主要网络数据库系统。设立了国际联机检索终端，可检索DIALOG、DATA-STAR、 STN、 ECHO四大国际联机检索系统，涵盖自然科学、社会科学各领域700多个数据库。

2018年12月8日，中国科学院新疆生态与地理研究所和西北大学签署战略合作协议。

2023年1月15日，中国科学院新疆生态与地理研究所与新源县人民政府签署科技合作框架协议。

2023年11月13日，中国科学院新疆生态与地理研究所与新疆温宿县签署科技合作框架协议，

2021年12月，中国科学院新疆生态与地理研究所人事处入选全国老干部工作先进集体名单。

2022年3月，中科院新疆生态与地理研究所干旱区生物多样性保育与利用团队获得中科院三八红旗集体称号。

据2024年2月研究所官网数据，中国科学院新疆生态与地理研究所累计承担课题3000多项，积累了丰富的科学资料，取得了丰硕的科研成果，获得国际、国家、省部级奖励近400项，支持了新疆的经济社会发展，帮助了各族农牧民实现科技脱贫致富。

《干旱区研究》是由中国科学院主管，中国科学院新疆生态与地理研究所和中国土壤学会联合主办的全国性学术期刊；创刊于1984年。主要刊登干旱区水、土、生物、气候和环境等方面具有创新性的研究论文、专论综述和评论、研究方法和新技术应用、学术讨论与争鸣、国内外学术动态、论坛以及干旱区新书介绍等。

《干旱区地理》原名《新疆地理》，是由中国科学院主管，中国科学院新疆生态与地理研究所和中国地理学会联合主办的全国性学术期刊，创刊于1978年。主要刊登干旱区地理学及其分支学科、边缘学科和交叉学科的新理论、新技术和新方法。具体包括自然地理、区域地理、水文与水资源、气候与环境变化、干旱区生态及其生态系统建设与植被恢复、资源开发与利用、气象灾害与防治，以及干旱区大气圈、水圈、生物圈、岩石圈和人类活动之间的相互作用，特别是干旱区资源环境研究重大科学问题即绿洲生态系统与演化机制、绿洲生态建设与环境治理、资源开发利用与区域发展，还刊载研究报道、学术活动、消息和书刊评价等。

《Journal of Arid Land》（干旱区科学，简称JAL）经国家新闻出版总署批准，于2009年第四季度创刊。期刊为中国科学院新疆生态与地理研究所、中国科技传媒股份有限公司（原科学出版社）和中国自然资源学会联合主办、中国科技传媒股份有限公司和Springer出版发行的自然科学综合性学术期刊。主要刊登干旱和半干旱地区水、土、生物、气候等自然资源变化及其大气圈、水圈、生物圈、岩石圈之间的相互作用和与人类活动的关系，干旱和半干旱地区地理、生态和环境格局及生态建设和环境保护，干旱和半干旱区域对全球变化的响应与反馈机制等原创性、综合性、理论性和实用性的研究成果；期刊还开展中亚地区资源环境、生态安全及区域可持续发展的国际学术交流；同时刊登上述方面的研究评述、快讯、学术动态等。

《Regional Sustainability》（区域可持续发展）于2020年9月正式创刊，是由中国科学院主管，中国科学院新疆生态与地理研究所主办，《区域可持续发展（英文）》编辑部出版的开放获取（Open Access）英文学术期刊。设置研究论文、综述论文、短讯、社论、短篇综述五个栏目，从可持续发展的角度出发，聚焦局地、区域和全球不同空间尺度的环境保护、经济发展和社会发展领域最新科学技术及研究成果。

《干旱区地理（维吾尔文）》是由中国科学院主管，中国科学院新疆生态与地理研究所主办，科学出版社出版的学术类季刊。主要刊登干旱区地理学及其分支学科的学术论文、研究成果、考察报告、学术动态等。具体包括自然地理、区域地理、土壤地理与干旱区生态及其生态系统建设、植被恢复、水文与水资源、环境变化、气候、灾害与防治，以及干旱区与大气圈、水圈、生物圈、岩石圈和人类活动的相互作用等领域，着重刊载绿洲生态系统与演化机制、绿洲生态建设与环境治理、资源开发利用与区域发展、沙漠改造利用等干旱区资源环境科学问题的研究进展。

《干旱区研究（维吾尔文）》是由中国科学院主管，中国科学院新疆生态与地理研究所主办，科学出版社出版的综合学术类季刊。主要刊登与干旱区生物资源、土壤资源、水资源及其利用、气候变化、生态系统与环境、沙漠等领域的研究，干旱区自然资源的动态变化及相互作用、干旱区生态及其生态系统建设、植被恢复、资源开发与利用、灾害与防治等方面有关的学术论文、研究成果、考察报告、技术扎记、综合评述、学术动态及会讯。

据2024年2月研究所官网数据，中国科学院新疆生态与地理研究所拥有国家甲级水文水资源调查评价资质证书、国家乙级测绘资质证书、国家乙级旅游规划设计资质证书、农林行业（营造林）乙级工程设计证书、丙级林业调查规划设计资质证书。

据2024年2月研究所官网数据，中国科学院新疆生态与地理研究所是1983年国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授予权单位之一，拥有一级学科博士学位授权点3个、一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点11个和3个博士后科研流动站。

博士后科研流动站：地理学、生物学、生态学

一级学科博士学位授权点：地理学、生态学、地质资源与地质工程

一级学科硕士研究生培养点：自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、生态学、植物学、环境科学、水土保持与荒漠化防治、地球探测与信息技术、环境工程、测绘工程、生物工程

二级学科硕士研究生培养点：自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、生态学、植物学、环境科学、水土保持与荒漠化防治、地球探测与信息技术、环境工程、测绘工程、生物工程

据2024年2月研究所官网数据，中国科学院新疆生态与地理研究所拥有在学研究生450人，其中博士生183人，硕士研究生202人，留学生65人。

中国科学院新疆生态与地理研究所所徽由S、D两个字母组合，代表所名生态（Shengtai）与地理（Dili）；上绿下蓝并加叶片，象征地球与生物圈、植物是生态系统的初级生产者、生命与水密不可分的关系。其文化内涵是：研究所以绿洲生态过程与生态系统管理研究为中心的定位；研究工作中生态过程与地理格局研究的高层面、大时空耦合；西部大开发以生态环境保护和建设为根本，推进绿洲化，逆转荒漠化。

中国科学院院风：唯实、求真、协力、创新

生地精神：团结、开拓、奉献、创新

2023年5月13至14日，中国科学院新疆生态与地理研究所第十九届公众科学日活动举行。