中国科学院大学基础教育研究院成立于2016年2月，是中国科学院大学直属二级单位，负责筹建运营京内外附属学校、保障教职工骨干人才子女入学、制定基础教育发展规划、开展基础教育研究、培养“国优计划”教育学硕士、教育战略管理博士等。基础教育研究院在领导机制、经费支持、管理运营方面与基础教育名校共建共享，广泛汇聚各方资源，充分发挥各方优势，破除资源分割壁垒，推动附属学校建设和基础教育研究的可持续发展。

基础教育研究院立足中国科学院“3H工程”核心使命，联合各方共同探索高等教育贯通基础教育的拔尖创新人才培养模式和联合创办高校附属学校的新型办学育人模式，持续推动京内外附属学校健康有序发展，保障教职工子女就读优质中小学，持续发挥国科大骨干人才稳定器的作用。