中国科学院南海海洋研究所成立于1959年1月，是中国规模最大的综合性海洋研究机构之一。

1959年1月，中国科学院南海海洋研究所成立。

1961年，物理海洋室成立。

1964年，水文室成立。

“文革”时期，下放到广东省，改名为广东海洋研究所。

1978年初，回归中国科学院建制，并恢复“中国科学院南海海洋研究所”名称。

1979年，中国科学院南海海洋研究所海洋生物标本馆创建。

1982年，《热带海洋学报》创刊。

1998年，研究所开放实验室成立。

1999年2月，中国科学院南海海洋研究所信息服务中心正式成立。

2001年，中国科学院热带海洋环境动力学重点实验室成立。

2003年9月，中国科学院边缘海地质重点实验室正式成立。

2005年和2006年，南海海洋所大亚湾站和海南站先后成为国家重点野外台站。

2006年12月，中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室成立。

2007年和2008年，南海海洋所先后建立了中科院西沙群岛海洋环境观测站和中科院南沙群岛海洋环境观测站。

2008年6月，南海海洋所开始建设所仪器设备公共服务中心。

2011年10月，热带海洋环境国家重点实验室获得科技部批准，进入建设阶段，并于2014年7月通过科技部组织的专家组验收。

2015年，热带海洋环境国家重点实验室通过数理和地学领域国家重点实验室评估。

据2017年9月研究所官网显示，研究所共有在职职工625人，其中正高级人员108人，研究生导师155人。拥有中国工程院院士1人，“万人计划”入选者5人，国家百千万人才工程人选4人，创新人才推进计划中青年科技创新领军人才6人；973计划或国家重点研发任务项目首席科学家6人；中科院特聘研究员16人，中科院“百人计划”入选者29人，中科院“创新国际团队”1个，中科院科技创新“交叉与合作团队”1个；国家杰出青年科学基金获得者9人。

中国工程院院士（专职）：张偲

国家百千万人才工程人选：张长生等

中国科学院率先行动百人计划学术帅才（A类）：王春在

国家自然科学杰出青年基金获得者：杜岩、王东晓、秦启伟、蔡树群、余克服、张长生、鞠建华、吴军、殷克东

中国科学院“百人计划”：鞠建华、杜岩、王东晓、周伟东、沈建伟、殷克东、唐丹玲、李翔、喻子牛、尚晓东、刘永宏、张长生、周生启、秦启伟、彭世球、徐向荣、张黎、冯东、王卫强、王志、王鑫、徐杰、修鹏、高贝乐等

据2017年9月研究所官网显示，研究所拥有1个国家重点实验室、2个中国科学院重点实验室、1个中国科学院研究中心、1个联合科教中心、3个省级重点实验室、6个野外台站；设有4个研究室、1个工程中心；是中国海洋学会海洋物理分会、广东海洋湖沼学会、广东海洋学会等的依托单位。

国家重点实验室：热带海洋环境国家重点实验室

中国科学院重点实验室：中国科学院边缘海与大洋地质重点实验室（与广州地化所共建）、中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室

中国科学院研究中心：中国科学院海洋微生物研究中心

联合科教中心：中国科学院中国-斯里兰卡联合科教中心

省级重点实验室：广东省海洋药物重点实验室、广东省应用海洋生物学重点实验室、海南省热带海洋生物技术重点实验室

野外台站：大亚湾海洋生物综合实验站（国家野外试验站和中国生态系统研究网络“CERN”站）、海南热带海洋生物实验站（国家野外试验站和中国生态系统研究网络“CERN”站）、湛江海洋经济动物实验站、汕头海洋植物实验站、西沙深海海洋环境观测研究站、南沙深海海洋环境观测研究站

研究所研究室：物理海洋研究室、海洋地质研究室、海洋生物研究室、海洋生态研究室

研究所工程中心：海洋环境工程中心

据2017年9月研究所官网显示，研究所拥有“实验1”号、“实验2”号和“实验3”号三艘大型海洋科学考察船；还拥有仪器设备公共服务中心、海洋环境检测中心、南海海洋生物标本馆和海洋信息服务中心。

截至2014年9月，仪器设备公共服务中心下设三个技术服务平台：海洋生物分析平台、海洋环境与工程分析平台和船载海洋观测平台。

海洋生物分析平台有仪器15台，设7个仪器组：核磁共振组， 主要负责500MHz AV500超导核磁共振波谱仪的日常运行、测试服务和维护；显微结构分析组，主要负责的仪器有日立S-3400N扫描电子显微镜、系列荧光显微镜等；流式细胞仪组，主要负责的仪器有BDDisvantage流式分选仪，流式细胞分析仪；叶绿素分析组，主要负责的仪器有叶绿素荧光测定仪，MINI-PAM便携式叶绿素荧光仪；色谱-质谱分析组， 主要负责的仪器有 高效液相色谱仪、制备色谱仪以及液质联用分析仪等；功能基因组分析组，主要负责的仪器有GenomeLab GeXP多重基因表达遗传分析系统;荧光定量分析仪等以及蛋白质组学研究系统；元素分析组，主要负责的仪器有流动式注射分析仪，液体闪烁计数仪，荧光/磷光/发光分光光度计等。

海洋环境与工程分析平台有仪器73台套，设6个仪器组：高能计算机组，主要负责的仪器有戴尔刀片式服务器；浮标系统与近海物理海洋观测仪器组，主要负责物理海洋学浅海观测仪器（海洋剖面仪、海流计、波浪骑士等）；地质样品分析仪器组，主要负责的仪器有超导岩石磁力仪、辅助交变退磁仪、热退磁仪、脉冲磁化仪等；工程地质仪器组，主要负责近海工程地质测量的仪器设备的使用管理、维护、保养等；海洋环境地球化学组，主要负责的仪器有激光粒度分析仪、离子色谱仪、离子体原子发射光谱等；海洋化学分析组，主要负责的仪器有伏安极谱仪，液芯波导光纤系统。

船载海洋观测平台为南海海洋研究所“实验1号”、“实验2号”、“实验3号”科学考察船的船载海洋观测平台，有仪器近二十台套，按仪器功能设四个仪器组：地震组，主要负责的仪器有SERCEL海洋多道数字地震采集系统（包括数字地震仪、数字电缆和气枪）、XS3200深水浅地层剖面仪系统等；海洋重磁组，主要负责的仪器有KSS30重力仪、SEASPY磁力仪；测深与定位组，主要负责的仪器有旁侧声纳、多波束、回声探测仪、卫星导航定位系统和科学考察船的绞车管理；物理海洋仪器组，主要负责“实验1号”、“实验3号”科学考察船上的温深盐仪、多波速海流计、海气边界层通量测量系统、湍流细微构造观测剖面仪等。

据2017年9月研究所官网显示，中国科学院南海海洋研究所海洋生物标本馆馆藏标本总量为5000多种，20多万号。标本馆收藏了中国科学院南海海洋研究所1959年建立以来历年采集以及馆际交流和国际友人赠送的标本，涉及到的种类及样本数有海藻、多孔动物门、腔肠动物、环节动物、软体动物、节肢动物、苔藓动物门，棘皮动物,浮游动物、鱼类、原生生物、栉水母动物、毛颚动物、、被囊动物、爬行类、鸟类、哺乳动物等；还有鹦鹉螺、虎斑贝、唐冠螺、海龟、玳瑁、中华白海豚等珍稀、濒危动物标本和珍贵的南极企鹅标本。

据2017年9月研究所官网显示，中国科学院南海海洋研究所图书馆藏书达二十余万册。其中中外文海洋及相关学科期刊3000余种十万余册，中外文海洋图书资料八万余册，海洋资料、海图、地形、地质等图件近2万份，卫星照片近7千余片，每年入藏中外文海洋期刊600余种。馆藏文献的专业内容涵盖了海洋科学技术的各个领域，主要包括海洋水文学、海洋气象学、海洋物理学、卫星海洋学、海洋化学、海洋生物学、海洋地质学、海洋水产及鱼病研究、海洋资源环境研究、海洋工程、海洋调查与观测技术设备等。馆藏文献品种除图书、期刊外，还有各种工具书、会议录、技术报告、备忘录、卫星照片及其他声像资料。拥有CNKI科技类期刊数据库、CNKI科技类博硕士学位论文数据库、维普中文科技期刊库、方正中文电子图书、《中国科学》杂志社等中文全文数据库资源；拥有AGU、ACS、BioOne、Elsevier ScicenceDirect、ESA、GeoScienceWorld、Knovel Library工具书、MyLibrary电子图书、MyLibrary电子图书、Nature Geoscience、NetLibrary电子图书、NRC、PQDT-博硕士论文全文数据库、Science online、SpringerLink电子期刊、Springer电子图书等外文全文数据库资源。

据2017年9月研究所官网显示，近50年来，南海海洋所共取得科研成果780余项，获国家、中科院、部委和省市级成果奖258项；申请专利近700件，获授权专利400余项；典型代表性成果有“南海与邻近热带区域的海洋联系及动力机制”、“热带海洋生物活性物质的利用技术”和“南沙群岛及其邻近海区资源环境和权益综合调查研究”等。主持、承担中国科学院先导专项A、国家科技基础资源调查专项、国家基金项目等200余项。与40多个国家和地区建立了学术联系与合作，重点发展与欧、美、日、澳等海洋科学发达国家的合作与交流，同时加强与南海周边东盟国家的交流与合作。每年承担咨询或院地合作项目150余项。

《热带海洋学报》是由中国科学院南海海洋研究所主办、科学出版社出版、国内外公开发行的海洋学综合学术刊物，创刊于1982年，是中国自然科学核心期刊之一，也是2001年中国期刊方阵入选期刊之一。

《热带海洋学报》为双月刊，主要刊载南海及邻近热带海洋学研究中有关海洋水文、海洋气象、海洋物理、海洋化学、海洋地质与地球物理、海洋沉积、河口海岸、海洋生物、海洋污染与防治、海洋仪器与技术方面的最新研究成果和学术论文以及反映最新学科前沿动态的综述性文章。

《热带海洋学报》是中国自然科学核心期刊，《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科学引文数据库》、《万方数据——数字化期刊群》来源期刊，被《中国学术期刊（光盘版）》和《中国期刊网》全文收录，并入选中国期刊方阵；同时，《热带海洋学报》还被美国《化学文摘》和《水科学与渔业文摘》、俄罗斯《文摘杂志》、日本《科学技术文献速报》及英国《动物学记录》收录为源期刊。

2022年4月，在海洋科学技术奖奖励委员会审核确认的“2021年度海洋科学技术奖获奖项目”中，中科院南海海洋研究所研究成果“大洋板块俯冲动力学机制及对南海构造演化的控制作用”获得特等奖，“牡蛎先天性免疫和环境响应的分子基础及调控机制研究”获得一等奖。

据2017年9月研究所官网显示，研究所拥有1个博士后流动站、1个一级学科博士点、4个二级学科博士点、7个二级学科硕士点。

博士后流动站：海洋科学

一级学科博士点：海洋科学

二级学科博士点：物理海洋学、海洋生物学、海洋地质、环境科学

二级学科硕士点：物理海洋学、海洋生物学、海洋地质、环境科学、地质工程、环境工程、生物工程

据2017年9月研究所官网显示，研究所研究生可申请中国科学院大学研究生国家奖学金、吴瑞奖学金、院长奖、朱李月华奖学、奖教金、地奥奖学金、刘瑞玉海洋科学奖学金等奖助学金。

2016年6月，评选出2015-2016学年中国科学院大学三好学生标兵3名、优秀毕业生4名、优秀学生干部7名、三好学生53名。

据2017年9月研究所官网显示，南海海洋所是全国海洋科研机构首家获得ISO9002质量体系认证的科研单位，拥有国家“建设项目环境影响评价资质证书（乙级）”、“海域使用论证资质证书（甲级）”、“工程勘察证书（甲级，海洋专项）”、“测绘资质证书（乙级）“计量认证资质证书”等。

2020年11月20日，入选“第六届全国文明单位”名单。

2022年1月30日，入选2021-2025年全国科普教育基地第一批拟认定公示名单。

2024年3月，中国科学院南海海洋研究所仪器设备公共服务中心海洋生物分析平台被授予2023年度广东省三八红旗集体称号。

南海海洋所标志是由蓝色为主色调、以南海的轮廓来演变的艺术图案。

创新价值观：追求真理，不断创新，科技报国

南海海洋所精神：开放、竞争、进取、协作

海洋文化：广容百川、通达四海、进取不息、协力攻坚