中国科学院南京土壤研究所（Institute of Soil Science，Chinese Academy of Sciences）位于江苏省南京市玄武区北京东路71号，前身可追溯至1930年7月成立的中央地质调查所土壤研究室；1953年1月，中国科学院南京土壤研究所正式成立；2001年3月，成为中国科学院知识创新工程试点行列的研究所之一。

1930年7月2日，中华教育文化基金董事会第六次年会（南京）委托农矿部地质调查所举办全国土壤调查，地质调查所聘请专家并在所在地北京西四兵马司9号及丰盛胡同3号成立土壤研究室，开始对中国土壤进行系统的调查与研究，这是中国近代土壤科学研究真正开始的标志。随后，土壤研究室相随中央地质调查所经历了五次迁址。

1930年12月，农矿部地质调查所在原址更名为实业部地质调查所，并于1935年12月迁至南京珠江路942号，土壤研究室也相随迁到新址。

1937年11月，实业部地质调查所更名为经济部地质调查所，并迁至长沙喻家冲，土壤研究室也相随迁到新址。

1938年8月，经济部地质调查所迁至重庆复兴巷5号，土壤研究室也相随迁到新址。

1939年4月，经济部地质调查所更名为经济部中央地质调查所，并迁至重庆北碚，土壤研究室也相随迁到新址。

1946年1月，经济部中央地质调查所迁回南京，定址珠江路942号，土壤研究室也相随迁到新址。

1949年4月，经济部中央地质调查所被南京市军管会文教委接管（后改为700号）。

1950年8月，经济部中央地质调查所撤消，接受中国地质工作计划指导委员会领导和改编。

1952年7月，中国科学院决定将原中央地质调查所所属土壤研究室扩充为土壤研究所并先成立筹备处，自1952年10月1日起改属中国科学院。

1953年1月8日，启用中国科学院土壤研究所筹备处印章；1月23日，筹备处工作结束，研究所正式成立；同年5月11日，中国科学院增设包括土壤研究所在内的24个研究机构，中国科学院土壤研究所东北分所筹备处（现中国科学院沈阳应用生态研究所前身）亦同时成立，新建的中国科学院土壤研究所系以原中央地质调查所土壤研究室为基础，合并40年代成立的福建地质土壤调查所、江西地质调查所土壤研究室而成。设土壤物理与物理化学研究组（简称一组）、土壤化学与农业化学研究组（二组）、土壤微生物与生物化学研究组（三组）、土壤地理与改良组（四组），同时筹建了图书室和土壤标本展览室。一、二、三组在珠江路700号原址，四组借用鸡鸣寺院内小红楼，分散两处工作。

1955年以后，设立了多个研究室（组）：土壤物理研究组、土壤化学研究组、土壤农业化学研究室、土壤生物化学研究组、土壤微生物研究组和土壤地理研究室，并设立为科研服务的附属工厂。

1961年末，由熊毅、席承藩率原土壤及水土保持研究所百名科技人员并图书仪器南迁回归。

1963年，该所的10年发展方向、重点任务和重大措施三定方案形成，研究室（组）也作相应调整：土壤物理研究组、土壤物理化学研究室、土壤电化学研究组、土壤植物营养化学研究室、土壤生物化学研究组、土壤微生物研究组、土壤地理研究室，大比例尺土壤制图研究组和土壤盐渍地球化学研究组。

1970年7月15日，该所下放到江苏省；11月28日，该所归口于江苏省科技局。

1973年3月15日，该所改由江苏省和中国科学院双重领导。5月21日，“江苏省土壤研究所革命委员会”改名为“中国科学院南京土壤研究所革命委员会”。期间，研究室（组）变动：土壤物理研究室、土壤物理化学研究室（土壤电化学研究组并入）、土壤植物营养化学研究室、土壤微生物研究室、土壤生物化学研究室、土壤地理研究室（土壤详测组并入）、土壤盐渍地球化学研究室，图书情报室（图书与资料合并）。

70年代后期，研究室（组）重新布局，设有土壤物理研究室、土壤物理化学研究室、土壤电化学研究室、土壤植物营养化学研究室、土壤微生物研究室、土壤生物化学研究室、土壤地理研究室、土壤盐渍地球化学研究室、图书情报室，还有附属工厂。

1976年，成立土壤环境保护研究室。

1979年，建立水稻土生态研究组和土壤地球化学研究室（1984年并入地理研究室），土壤实验技术室和编译出版室也相继成立。

1979年4月28日，该所新增6个研究室（组）：土壤电化学研究室、土壤地球化学研究室、水稻土生态研究组、土壤实验技术研究室、图书情报研究室和编译出版室。

1984年，该所重新调整了科研机构，共设置10个研究室（组）和4个技术系统：土壤地理研究室、土壤－植物营养化学研究室、土壤生物化学研究室、土壤盐渍地球化学研究室、土壤物理化学研究室、土壤电化学研究室、土壤物理研究室、土壤微生物研究室、土壤环境保护研究室、水稻土生态研究组以及土壤实验技术室、电子计算机组、图书情报研究室和编译出版室。

1985年8月21日，中国科学院同意将封丘站定名为“中国科学院河南封丘农业生态综合实验站”。10月21日，中国科学院同意该所在江西省建立红壤生态实验站。

1987年3月19日，中科院资环局在南京主持召开“土壤圈物质循环开放实验室”论证会。8月20日，批准成立“土壤圈物质循环开放研究实验室”。

1988年4月12日，全国博士后管委会批准该所建立博士后科研流动站。6月22日，中国科学院批准该所封丘农业生态实验站对外开放。

1990年10月16日，批准红壤站对外开放。

2001年3月2日，该所成为中国科学院知识创新工程全面推进阶段首批进入试点行列的研究所之一。

2003年5月，科技部正式批准依托该所建设“土壤与农业可持续发展国家重点实验室”。

2006年初，该所进入中国科学院知识创新三期工程行列。

2022年7月1日，该所江南园林遗产保护与活化江苏省文化和旅游重点实验室被列为第二批江苏省文化和旅游重点实验室认定名单。

据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所土壤与环境分析测试中心是国家质量技术监督局认定的国家计量认证合格单位，拥有同位素质谱仪、扫描电子显微镜、等离子光谱仪、有机质谱仪等各类大型仪器设备近50台。

图书馆

据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所图书馆是联合国粮农组织的特约图书馆，藏有中外文书籍和期刊25万册。

标本馆

据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所土壤标本馆保存和陈列有中国不同类型及部分其他国家的近6万号土壤标本。

据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所共有在职职工311名，其中专业技术人员275名，包括中国科学院院士2名，研究员63名，副高级研究人员86名，中初级研究人员126名。其中国家“百千万人才工程”4人，国家杰出青年基金获得者7人，中国科学院“百人计划”入选者14人。

中国科学院院士（2名）：赵其国、朱兆良

中国科学院“百人计划”入选者（14人）：骆永明、蒋新、沈仁芳、丁维新、苏彦华、颜晓元、贾仲君、彭新华、褚海燕、陈梦舫、张甘霖、兰平、高娟、宋昕

国家杰出青年基金获得者（7人）：骆永明、蒋新、张甘霖、丁维新、沈仁芳、周东美、吴龙华、颜晓元

据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所共有国家重点实验室1个、中国科学院重点实验室1个、国家工程实验室1个、农业部重点实验室1个、所级研究单元7个以及中国科学院生态系统研究网络土壤分中心、河南封丘农田生态系统国家野外科学观测研究站、江西鹰潭农田生态系统国家野外科学观测研究站、江苏常熟农田生态系统国家野外科学观测研究站、中国科学院三峡工程生态环境湖北秭归实验站。

国家重点实验室（1个）：土壤与农业可持续发展国家重点实验室

中国科学院重点实验室（1个）：中国科学院土壤环境与污染修复重点实验室

国家工程实验室（1个）：土壤养分管理国家工程实验室

农业部重点实验室（1个）：农业部耕地保育综合性重点实验室

所级研究单元（7个）：土壤资源与遥感应用研究室、土壤－植物营养与肥料研究室、土壤化学与环境保护研究室、土壤物理与盐渍土研究室、土壤生物与生化研究室、土壤与环境生物修复研究中心、土壤利用与环境变化研究中心

据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所先后主持承担了国家“973”项目6项，科技基础性工作专项1项，重大科技专项课题4项,“863”重大、重点项目12项，科技支撑计划项目2项和课题10余项，公益性行业科技重大专项4项，国家自然科学基金重大项目2项、国际合作重大项目9项等一大批国家重大科技任务。近5年来，获得18项各级科技进步奖，累计发表SCI论文909篇，中国国内核心期刊论文1200余篇，出版学术专著20余部，有近90项发明专利获得授权。

据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所主办有《PEDOSPHERE》（土壤圈）、《土壤学报》、《土壤》等3份学术期刊。

《PEDOSPHERE（土壤圈）》创刊于1991年2月，由中国科学院主管，中国土壤学会、中科院南京土壤研究所和土壤与农业可持续发展国家重点实验室共同主办，是中国出版的土壤学科唯一外文版国际性学术期刊，也是中国土壤学领域唯一的SCI源刊、中国自然科学核心期刊和“中国期刊方阵”期刊，主要刊登土壤学领域未曾公开发表的具有坚实科学理论和实验基础与创新的最新高水平科研成果，内容包括土壤化学、土壤物理学、土壤生物与生物化学、土壤肥力与植物营养等与生物圈、岩石圈、水圈和大气圈密切关联的土壤科学理论、实验技术及应用的学术研究论文、专题综述、研究简报等。《PEDOSPHERE》已被俄罗斯《文摘杂志》、日本《科学技术文献速报》、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）、中国科技期刊精品数据库、中国科技期刊引证报告、中国科技论文统计与引文分析数据库、中国科学引文数据库、中国学术期刊文摘（英文版）、中国学术期刊综合评价数据库、中国核心期刊（遴选）数据库、中国知网、万方数据系统科技期刊群、中国学术期刊（光盘版）、中文科技期刊数据库、中国期刊网等重要的相关检索和文摘数据库收录为来源期刊。

《土壤学报》的前身是《中国土壤学会会志》，于1948年12月创刊，1952年更名为《土壤学报》，是由中国土壤学会主办、中国科学院南京土壤研究所承办的中文核心科技学术期刊（双月刊）。该刊为《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科技文献数据库》、《中国科学引文数据库》等的来源期刊和《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》、《万方数据系统科技期刊群》的收录期刊，被美国出版的CA、CAB文摘收录。

《土壤》是介绍土壤、肥料、土壤生态及环境保护等方面的研究论文和调查报告为主的通报类期刊，公开发行，创刊于1958年10月，是中国自然科学核心期刊，被《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》全文收录，被认定为《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科学引文数据库》来源期刊。

据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所是中国首批具有硕士和博士学位授予权的单位之一，共拥有3个一级学科博士和硕士学位点；2个二级学科硕士学位点；2个全日制专业学位培养点，还设有2个博士后流动站。

一级学科硕士学位点（3个）：农业资源与环境（含土壤学、植物营养学、资源环境与遥感信息）、环境科学与工程（环境科学、环境工程）、生态学

一级学科博士学位点（3个）：农业资源与环境（含土壤学、植物营养学、资源环境与遥感信息）、环境科学与工程（环境科学、环境工程）、生态学

二级学科硕士学位点（2个，不含一级学科覆盖的二级学科）：地图学与地理信息系统、水土保持与荒漠化防治

专业学位培养点（2个）：工程硕士（环境工程、生物工程领域）、农业推广硕士（农业资源利用领域）

博士后流动站（2个）：农业资源与环境、环境科学与工程

据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院土壤研究所共有在学博士生154人、硕士生122人，在站博士后研究人员30人。

据2015年12月研究所官网信息显示，自2000年以来，该所培养的研究生学生获得教育部和中国科学院各类奖项120余人次，其中4名毕业生获全国百篇优秀博士学位论文奖（其中1人提名奖），9名毕业生入选中国科学院优秀博士学位论文奖（其中2人提名奖），21名毕业生获中国科学院院长奖（其中2名特别奖）。

标识内涵：

1、圆内由“ISSCAS”中的三个“S”组成，如腾飞的大鹏，一气呵成，喻指土壤事业蒸蒸日上

2、中间反白部分是“SoilScience”中的两个“S”,指明了我所主要研究内容－土壤科学

3、上半部分自然绿和下半部分土黄色密不可分，暗示黄土地上的盎然生机，背景为淡蓝，喻指大气圈，又似海洋。

此徽标将该所土壤、大气、水、植物等研究内容包容在里面。

中国科学院南京土壤研究所研究生会是中国科学院南京土壤研究所全体在所研究生“自我教育、自我管理、自我服务”的群众性自治组织，保障研究生的合法利益。在参与式所内管理、互动式学生维权、学术交流、社会实践、文体活动等方面，为增进研究生之间、研究生与所之间以及研究生与社会之间的交流起到了桥梁和纽带作用。

据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京土壤研究所研究生会部门有主席团、学术部、生活部、宣传部、文艺部、体育部。此外，研究生会经常组织各种文体活动，如组织研究生春游、举办元旦晚会、篮球比赛等。