中国科学院上海免疫与感染研究所原名中国科学院上海巴斯德研究所，是中国科学院直属事业单位。

2004年1月28日，中国科学院与法国巴黎巴斯德研究所在上海共建中国巴斯德研究所的框架合作意向书；8月30日，中国科学院、上海市政府和法国巴斯德研究所在上海签署正式合作协议，共建成立中国科学院上海巴斯德研究所；10月11日，中国科学院上海巴斯德研究所正式成立揭牌。

2005年7月，中国科学院上海巴斯德研究所开始运行。

2007年7月23日，中国科学院上海巴斯德研究所获中央机构编制委员会办公室批复。

2011年2月25日，中国科学院分子病毒与免疫重点实验室在中国科学院上海巴斯德研究所揭牌成立。

2018年，中国科学院上海巴斯德研究所麒麟创新研究院落户麒麟科创园。

2020年1月2日，中国科学院党组将中国科学院上海巴斯德研究所正式纳入直属事业单位管理序列。

2022年12月，法国巴斯德研究所决定停止与中国科学院共同领导中国科学院上海巴斯德研究所。

2023年7月26日，原中国科学院上海巴斯德研究所位于岳阳路上的铭牌正式更替为中国科学院上海免疫与感染研究所。

截至2023年12月，中国科学院上海免疫与感染研究所共有在职职工141人，在站博士后21人。其中正高级专业技术岗位28人，副高级专业技术岗位20人。

中国科学院Sanofi-Aventis优秀青年科学家：刘星

上海市科技系统先进个人：江陆斌

上海市青年科技启明星：刘星

上海市青年拔尖人才：潘磊

截至2023年6月，中国科学院上海免疫与感染研究所设有1个中国科学院重点实验室、2个学术单元、29个研究组。

中国科学院重点实验室：中国科学院分子病毒与免疫重点实验室

所属学术单元：微生物研究中心、发育与健康研究中心

所属研究组：新抗原与翻译后修饰发现研究组、微生物RNA系统生物学研究组、病原真菌感染及宿主免疫研究组、感染免疫组学与人工智能研究组、病原菌定量基因组学研究组、虫媒病毒研究组、化学生物学与脂代谢研究组、郝沛研究员病原大数据研究组、蚊媒传染病传播机制与干预研究组、疟原虫表观遗传学研究组、病原宿主互作的细胞生物学及光学成像研究组、新发传染病疫苗和药物研究组、病毒与淋巴瘤研究组、免疫识别与炎症调控研究组、抗感染免疫与免疫疾病研究组、RNA合成生物学研究组、天然免疫学研究组、肠道微环境与健康研究组、微生物与宿主相互作用研究组、微生物致病及共生分子机理研究组、免疫和儿童传染病研究组、肠道微生物与代谢性疾病研究组、呼吸道感染免疫研究组、致病耐药菌转录调控及抗生素开发研究组、病原微生物致病机制的结构生物学研究组、免疫信号传导与调控研究组、肠道微生物与计算宏基因组研究组、病毒感染与RNA代谢研究组、B细胞与疾病免疫学研究组、病毒性肝炎研究组详情

据2024年4月研究所官网数据，中国科学院上海免疫与感染研究所公共技术中心建有公共仪器与测试分析平台、P2冷冻电镜平台、实验动物平台、质谱平台、核酸药物递送技术平台、高通量测序与组学分析平台、单细胞多组学分析平台、病原发现与大数据平台等八个特色实验技术平台，拥有专职技术人员28名，设备投入总值达1.6亿元。

2015年4月16日，原中国科学院上海巴斯德研究所与智飞生物制品股份有限公司在重庆签署《中国科学院上海巴斯德研究所与重庆智飞生物制品股份有限公司合作框架协议》。

2016年3月17日，中国科学院武汉病毒研究所与原中国科学院上海巴斯德研究所签署了战略合作协议。

2024年1月15日，中国科学院上海免疫与感染研究所与东华大学战略合作签约仪式在东华大学松江校区举行。

2024年3月29日，中国科学院上海免疫与感染研究所和中国医学科学院病原生物学研究所签署战略合作协议并开展学术交流。

2014年12月，原中国科学院上海巴斯德研究所获“2013-2014年度市属文化单位治安先进集体”。

2018年6月，原中国科学院上海巴斯德研究所被上海市社会治安综合治理委员会授予“2017年度上海市平安示范单位”称号。

2020年9月，中共中国科学院上海巴斯德研究所疫情防控科研攻关工作组临时支部委员会获“上海市抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。

2021年10月，原中国科学院上海巴斯德研究所被授予“2021年上海市工人先锋号”称号。

中国科学院上海免疫与感染研究所致力于重大感染性和传染性疾病基础与应用基础研究，创新发展病原学、流行病学、免疫学和疫苗学理论，突破感染性和传染性疾病免疫防治等关键核心技术，推动新发再发传染病研究国际合作，为全球公共健康提供创新理论、策略和解决方案。主要科研方向有：

重要病原与宿主互作的机理及应对策略：围绕呼吸道、消化道、体液、媒介等途径传播的重要病原，阐明病原致病性、宿主易感性以及免疫应答的分子生物学与细胞生物学基础，揭示病原在宿主体内建立急、慢性感染的关键机理, 探索感染预防和临床干预的措施。

重要病原发现、溯源及传播机制：围绕病原发现、监测、预警中的关键科学问题，开展病原分离、鉴定、溯源、进化与跨种传播机制的研究，支撑重大传染病的全球监测与预警。

传染病防治技术创新与产品研发：聚焦传染病防治药物研发、疫苗创制、免疫诊治的前沿技术，重点创新抗体药物和新型疫苗研发及制备技术；建立疫苗和抗体研发及评估的实验平台，完善防治技术与产品创新链。

传染病与人体微生物组：研究全生命周期中，人体共生微生物与宿主的共进化规律和调节宿主生理、病理的机制，揭示人体共生微生物在病原感染与致病过程中的微生态影响，及其在免疫响应中的作用，并发展相应的检测诊断技术和干预策略。

从2006至2016年，原中国科学院上海巴斯德研究所共申请基金项目314项，获资助122项，平均资助率为39%。资助项目共涉及8个项目类别，其中面上项目63项，青年科学基金项目32项，重点项目4项，重大研究计划项目3项，国际（地区）合作与交流项目15项，国家杰出青年科学基金项目2项，专项基金项目2项，海外及港澳学者合作研究基金项目1项，联合基金项目1项。获得基金委经费支持8345万元，获科技部留所使用经费支持2740万元，国家科技重大专项经费5325万元，其中包含研究所主持的两项“十一五传染病重大专项”的经费。

从2006至2016年，原中国科学院上海巴斯德研究所申请获得的基金资助项目中，以上海巴斯德所为第一作者或通讯作者单位发表的SCI论文共计265篇。SCI论文从2006年1篇到2016年61篇，10年增长了61倍，年均增长89.62%。其中发表在大类1区的论文17篇、2区的论文123篇，前两区的论文数占总发表论文的52.8%；其中Top期刊论文73篇，占总SCI论文的36. 5%。

截至2023年6月，中国科学院上海免疫与感染研究所设有一级学科博士学位授权点2个、一级学科硕士学位授权点2个、二级学科硕士学位授权点5个和1个博士后科研流动站。

博士后科研流动站：生物学

一级学科博士学位授权点：生物学、基础医学

一级学科硕士学位授权点：生物学、基础医学

二级学科硕士学位授权点：细胞生物学、微生物学、免疫学、病原生物学、生物与医药

截至2023年12月，中国科学院上海免疫与感染研究所有在学研究生232人，其中中国科学院大学学籍189人（博士101人、硕士88人），联培生43人。

中国科学院上海免疫与感染研究所标识由研究所的英文缩写SIII大写艺术体设计而来，简单明了地表达了研究所的名字。“S”是DNA双螺旋的变体，代表生物及微生物领域，也可以指代导致“感染”的病原体。“I”的变体包含了“T”字母，可以理解为T细胞，代表“免疫”。

所训：探微知著，厚德求真

2024年2月1日，中国科学院上海免疫与感染研究所在中科大厦报告厅举行2024年全所表彰大会暨迎春联欢会。