1988年12月，经原外经贸部批准，更名为中国科学器材进出口总公司。1998年经国务院批准，中国科器与国家科委脱钩，划归中央企业工委管理。经国务院批准，2003年正式与中国生物制品总公司合并重组，成为
中国生物技术集团公司所属全资企业。
中国科器自成立以来，一直为全国科技事业和科技工作者服务，为“两弹一星”、“863计划”、“攻关计划”等国家重点科技计划引进了先进技术和关键设备，为国内新型科技产品走向国际市场和国内外科技交流做出了许多开拓性的工作。经40多年的发展，中国科器已成为科技型、综合性的外贸企业，拥有国际招标、政府采购招标、援外物资项目实施、外事审批权、境内外科技展览、医疗器械及放射性材料经营许可等多项经营资质。2005年中国科器通过
ISO9001质量体系认证。中国科器是中国贸易促进会、中国国际商会以及机电、医保、五矿化工、轻工、纺织、粮油土畜等国家六大专业进出口商会和分析测试协会、仓储物流协会的会员企业，还是中国科学器材产销联合会的理事长单位。
中国科器本着“稳健、进取、诚信、高效”的经营理念，按照科学发展观的要求和“发展主营业务，增强核心能力，发挥综合优势，提高质量效益”的总体发展思路，继续为全国科技界和广大用户提供专项、集成、综合的优良服务，为我国科技事业和医疗卫生事业的发展做出贡献。