中国疾病预防控制中心农村改水技术指导中心成立于1991年，原名中国农村改水技术中心，时为全国爱国卫生运动委员会直属单位，负责全国农村改水改厕的业务指导和技术服务工作。1996年起，开始承担世界银行贷款中国农村供水与环境卫生项目的日常管理工作。2002年元月23日正式更名为中国疾病预防控制中心农村改水技术指导中心，成为中国疾病预防控制中心领导下的农村改水、改厕专业技术指导机构。

主要职责：

改水中心现有工作人员30余人，主要职责包括：

（一）开展农村饮用水卫生与环境健康和相关疾病预防控制等工作，为国家制定相关法律法规、政策、规划、项目等提供技术支撑和咨询建议。

（二）承担制定农村饮用水卫生和环境健康相关技术方案、指南和标准；承担农村爱国卫生运动技术支撑工作；开展相关健康教育和健康促进工作。

（三）开展农村饮用水和环境卫生监测与评价，开展相关危害因素的调查与风险评估，研究制订干预措施。

（四）参与执行相关公共卫生应急任务。

（五）开展农村饮用水卫生和环境健康相关科学研究，开展科研成果和新技术的效果评估和推广应用。

（六）开展农村饮用水卫生和环境健康相关领域的研究生教育、继续教育和专业技术培训。

（七）指导地方实施农村饮用水和环境卫生监测项目，开展对地方疾病预防控制机构的业务指导，参与专业技术考核和评价工作。

（八）开展相关领域的国际交流与合作，参与执行有关国际援助任务。

（九）承办中国疾病预防控制中心交办的其他事项。