1949年11月2日，中共中央政治局会议决定，在人民革命军事委员会下设民用航空局，受空军指导。11月9 日，国民党
中国航空公司、中央航空公司总经理刘敬宜、陈卓林率两公司在香港员工光荣起义，并率领12架飞机回到北京、天津，为新中国民航建设提供了一定的物质和技术力量。1950年，新中国民航初创时，仅有30多架小型飞机，年旅客运输量仅1万人，运输总周转量仅157万吨公里。
1958年2月27日，
国务院通知：
中国民用航空局自本日起划归交通部领导。1958年3月19日，国务院通知：全国人大常委会第95次会议批准国务院将中国民用航空局改为交通部的部属局。
1960年11月17日，经国务院编制委员会讨论原则通过，决定中国民用航空局改称“交通部民用航空总局” 。为部属一级管理全国民用航空事业的综合性总局，负责经营管理运输航空和专业航空，直接领导地区民用航空管理局的工作。
1962年4月15日，中央决定将民用航空总局由交通部属改为国务院直属局，其业务工作、党政工作、干部人事工作等均直归空军负责管理。这一时期，民航由于领导体制几经改变，航空运输发展受政治、经济影响较大，1978年，航空旅客运输量仅为231万人，运输总周转量3亿吨公里。
1980年3月5日，中国政府决定民航脱离军队建制，把中国民航局从隶属于空军改为国务院直属机构，实行企业化管理。这期间中国民航局是政企合一，既是主管民航事务的政府部门，又是以“中国民航（CAAC）”名义直接经营航空运输、通用航空业务的全国性企业。下设北京、上海、 广州、成都、兰州（后迁至西安）、沈阳6个地区管理局。
1980年全民航只有140架运输飞机，且多数是20世纪50、60年代制造的苏式
伊尔14、
里-2飞机，载客量仅20多人或40人，载客量100人以上的中大型飞机只有不到20架。机场仅有79个，其中不少机场设施极其简陋，一些大城市还没有机场。
1988年，
中国民航总局与航空公司实行政府部门和企业运营分离，形成6大航空公司：
中国南方航空公司、
中国东方航空公司、
中国国际航空公司、
中国北方航空公司（2002年被中国南方航空公司兼并）、
中国西北航空公司（2002年被中国东方航空公司兼并）、
中国西南航空公司（2002年被中国国际航空公司兼并）。