1996年9月国务院以批准在孔子故里——曲阜建立孔子研究院。孔子研究院工程规划设计由中国科学院院士、工程院院士、清华大学教授吴良镛先生担任。孔子是中国古代伟大的思想家、政治家、教育家，儒家思想的创始人。世界诺贝尔奖获得者曾聚集巴黎宣称：“人类要在二十一世纪生存下去，必须要从两千五百年前孔夫子那里去寻找智慧。”孔子被国际社会誉为“世界古代十大思想家之首”，深受人们仰慕和敬重。

孔子研究院具有五项功能：一是博物展览。与孔庙、孔府、孔林等地面建筑及库存文物统一规划和利用，举办孔子生平展和孔府文物精品展。使其成为一座充分显示东方文化特色的“孔子文化博物馆”；二是文献收藏。搜集、整理、汇编、存储古今中外浩如烟海的孔子及儒学文献资料，建成现代化的综合性孔子文献资料中心；三是学术研究和学术交流。接收国内外学者长期、短期、临时性学术研究，举办各种专题的国际性、双边性的学术讨论会；四是孔子及儒学研究信息交流。用现代化的设备和手段收储孔子及儒学研究动态，向国内外专家、学者提供研究信息；五是人才培训。聘请国内外知名人士任导师、研究院，开设多层次、多类型、多规格的培训班，接待国内外的访问学者等，为国内外学者提供良好的学习研究条件。

总体布局构图，以方和圆作为基本母题，用隐喻方式充分表达中国文化内涵，将儒学“仁”、“和”观念融入规划之中，借鉴“洛书”、“河图”、“九宫”格式及风水学说理论，将现有地段匠心独运，合理布局。建筑形式充分表达孔子的文化思想内涵，传统风格，体现民族性、时代性、纪念性。

孔子研究院规划占地面积9.5公顷，建筑面积26000平方米，分三期完成。一期工程投入1.2亿元，建筑面积14600平方米，包括主体工程、辟雍广场及辅助设施，该工程于1996年9月28日动工兴建，1999年9月竣工；二期工程投资0.3亿元，建筑面积5400平方米，主要是学术报告厅和研究中心的建设，该项工程于2006年4月开工建设，2007年9月竣工，并成功举办世界儒学大会发起国际会议、联合国教科文组织孔子教育奖颁奖典礼等众多大型会议；三期工程是该院整体建设的配套完善工程，计划投资0.3亿元，建筑面积6000平方米，该项目已经山东省计委批准立项，争取2008年文化节前基本完成主体工程，确保2009年投入使用。

孔子研究院建设中，党和国家领导人十分重视，给予多方面的关心和支持。江泽民同志于2000年10月题写院名，吴官正、朱镕基、李铁映、叶选平、许嘉璐、丁关根、周光召、何鲁丽、陈锦华等党和国家领导人来院亲临视察指导。国家有关部委也给予很大的关心和支持。谷牧同志曾三次到现场视察和指导工作。山东省、济宁市的领导和有关部门也十分重视孔子研究院的建设工作。

孔子研究院坚持边建设、边开放、边研究的原则，为发挥展览收藏、学术研究和学术交流方面的作用，举办有“党和国家领导人暨外国政要在曲阜”、“大哉孔子”、“孔府精品文物”、“世界孔庙”、“铜板圣迹图”、“金版四书”、“全国名家书画”等十几项展览；先后接待了一大批国家领导人，日本、韩国、俄罗斯、奥地利、几内亚、葡萄牙、西班牙、瑞士等国家的驻华大使及部分华裔和外国友人，还有港、澳、台同胞及中外儒学届、建筑界的朋友们；为发挥学术研究功能，积极弘扬以孔子及儒家思想为代表的中华民族优秀传统文化，编撰出版了21卷1200万字的《20世纪儒学研究大系》，60余卷 1200万字的《中华伦理范畴丛书》前十卷和《大哉孔子》、《中国儒学入门》等图书；为加强学术交流，开通了“中国孔子研究院网”，先后赴澳大利亚、新西兰、欧洲八国和台湾地区举办了“大哉孔子”展，与韩国国学振兴院建立了学术合作关系，与韩国儒道会、日本斯文会、台湾中华孔孟学会等学术团体建立了联系，与中国人民大学孔子研究院、山东大学儒学研究中心、山东省社科院、曲阜师范大学孔子学院等开展了学术合作； 2007 年，成功申报了山东省“孔子文化研究”泰山学者岗位，进一步显现出孔子研究院在孔子及儒家思想研究方面的独特优势。