中国医学科学院生物医学工程研究所是生物医学工程专业领域最早成立的国家级研究所，也是北京协和医学院生物医学工程“一流学科”建设的主要承担单位。工程所直属于中华人民共和国国家卫生健康委员会，是国家公益一类事业单位。

1960年，中国医学科学院医学仪器器械研究所成立。

1970年，经中华人民共和国国务院备案，医学仪器器械研究所搬迁至陕西省三原县西北医疗设备厂。

1973年，为使医学仪器器械研究与医学科研、临床实践紧密结合，经国务院批准，将已并入西北医疗设备厂的医学仪器器械研究所划归中国医学科学院四川分院。

1975年，仪器所在陕西人员、设备全部搬迁至四川简阳。

1978年，原中华人民共和国卫生部批准分院仪研所更名为中国医学科学院生物医学工程研究所。

1982年，原中华人民共和国卫生部通知中国医学科学院，同意生物医学工程研究所迁入天津市，实行地方和部双重领导，以部为主的体制。

1984年，中国医学科学院生物医学工程研究所搬往至天津。

2022年10月20日，中国医学科学院生物医学工程研究所与天津医药集团战略合作协议签约仪式举行。

2023年5月17日，西青区人民政府与中国医学科学院生物医学工程研究所签署合作协议。

据2023年8月研究所官网数据，中国医学科学院生物医学工程研究所有在职职工124人，具有国家级高层次人才6人，高级职称62人，博士生导师15人，硕士生导师21人。

国家优秀青年科学基金获得者：梅林

天津市突贡专家：殷涛

天津市131人才第一层次人选：刘天军

中国医学科学院“协和新星”人才支持计划入选者：马桂蕾、王伟伟

据2023年8月研究所官网数据，中国医学科学院生物医学工程研究所下设11个研究科室、3个支撑平台、5个依托单位。

研究科室：医学物理与医学测量实验室、生物信息检测与处理实验室、神经工程实验室、激光医学实验室、医学超声工程实验室、生物材料与药物控释实验室、分子设计与纳米技术实验室、基因工程实验室、心血管生物材料实验室、生物材料与人工器官研究室、智能诊疗技术团队

支撑平台：生物医学材料仪器共享平台、医学电子仪器共享平台、电磁兼容检测与技术研究平台

依托单位：呼吸与危重症诊疗技术与器械教育部工程研究中心、天津市生物医学材料重点实验室、中国医学科学院肿瘤免疫生物材料与纳米技术重点实验室、天津市医学电子诊疗技术工程中心

2022年1月15至16日，由中国医学科学院北京协和医学院主办、中国医学科学院生物医学工程研究所承办的首届中国医学工程学学科发展大会在北京举行。

中国医学科学院生物医学工程研究所主要从事生物医学工程新方法、新技术、新材料的研究与开发，分为生物医学材料研究和生物医学电子学研究两大领域。

生物医学材料研究在医用天然可降解材料、合成可降解材料、复合材料、原代细胞工程、生物人工器官的研究方面形成了特色。

生物医学电子学研究在脑科学和高精度无创神经调控技术、医学超声诊断仪器技术、脑控康复机器人技术、新型组织功能成像技术、激光医学等研究方面形成了特色。

据2023年8月研究所官网数据，中国医学科学院生物医学工程研究所获批各类科研项目33项，累计获批科研项目经费8608万元，累计发表期刊论文49篇，其中SCI收录论文28篇，影响因子大于10的论文7篇。获授权专利38项，其中发明专利28项（包含1项国际专利），获得省部级以上奖励2个，有4项研究成果实施了转化。新增横向课题20项，合同金额约1800万元。

2021年11月，《Nano Energy》杂志在线发表王伟伟研究员团队双层仿生设计柔性电子的研究工作。题目：Biomimetic integration of tough polymer elastomer with conductive hydrogel for highly stretchable, flexible electronic。论文第一作者为天津大学与工程所联陪生刘祥，中国医学科学院生物医学工程研究所陈小刚副研究员和王伟伟教授为共同通讯作者。

2022年7月30日，生物医学工程研究所殷涛、刘志朋研究团队在《Brain Stimulation》杂志在线发表题为“Individualized and clinically friendly helmet-type coil positioning method（I-Helmet）for transcranial magnetic stimulation”的研究论文。在该论文中，课题组为经颅磁刺激开发了一种个体化且操作简便、临床友好的头盔式线圈导航定位方法（并命名为：I-Helmet方法），并完成了导航定位精度的测试。

2022年12月9日，中国医学科学院生物医学工程研究所梅林团队在《Science Advance》（《科学进展》）发表了题为 “Engineered drug-loaded cellular membrane nanovesicles for efficient treatment of post-surgical cancer recurrence and metastasis”（工程化载药细胞膜纳米囊泡用于有效治疗术后癌症复发和转移）的论文。研究开发了一种新型工程化靶向给药系统（O-TPNVs），用于协同化疗和免疫治疗，作为术后肿瘤复发和转移的治疗策略。

《国际生物医学工程杂志》（原刊名《国外医学生物医学工程分册》）创刊于1978年，由中华人民共和国国家卫生健康委员会主管，中华医学会、中国医学科学院生物医学工程研究所共同主办的中华医学会系列杂志之一，系公开发行的专业学术期刊。该刊为双月刊，中国国内外公开发行。

中国医学科学院生物医学工程研究所的所徽外圈为研究所的英文名称，内圈为研究所的中文名称，上方为研究所的英文缩写IBME，下方为研究所的成立年份，中间徽章为璧形，的内容为盾牌和蛇杖。

2021年7月1日，中国医学科学院生物医学工程研究所举办庆祝中国共产党成立100周年表彰大会暨红歌汇演。

2023年12月4日，中国医学科学院生物医学工程研究所的眼科诊疗技术研发团队入选国家卓越工程师团队拟表彰对象。

2024年1月，中国医学科学院生物医学工程研究所的眼科诊疗技术研发团队入选国家卓越工程师团队名单。