中国农业科学院深圳农业基因组研究所（Agricultural Genomics Institute at Shenzhen, Chinese Academy of Agricultural Sciences）成立于2014年，是由中国农业科学院和深圳市共同打造的现代创新型研究所，为深圳市二类事业法人单位。

2014年4月25日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所在深圳大鹏新区挂牌成立；同年，获批成为深圳市二类事业法人单位。

2015年，正式获得中编办批复，是中国国内专门从事农业基因组学研究的国家级研究所。

2016年8月，取得中央事业单位法人证书，；10月，获得财政部批复的中央预算户头，并开设中央国库支付账户。同时，成立了中央所党委、完成了研究所机构设置，并与深圳市沟通完成了干部协管、属地管理等事项。

截至2017年4月，研究所在职职工100余人，其中科技人员90人，高级专业技术职务人员22人。基因组所到位人员85人，包括国家杰出青年基金获得者3人、973计划首席科学家3人、国家万人计划入选者4人，广东省“珠江学者”1人、深圳市国家级领军人才8人和海外高层次B类人才4人、农科院院青年英才15人，还打造了全基因组学贯穿团队，组建了院创新团队10个、深圳孔雀团队1个。

据2018年8月基因组所官网显示，基因组所已引进基因组研究人才200余人，包括国家杰青、973首席以及万人计划等国家和省部级人才40余人。

截至2017年5月，研究所建设了1个农业部重点实验室，1个深圳市重点实验室，建设了深圳中农京跃生物技术有限公司、国家农业基因组科技创新联盟。

农业部重点实验室：农业基因数据分析重点实验室

深圳市重点实验室：农业基因组表型分析与利用重点实验室

截至2018年7月，Illumina的Miseq、Hiseq2500和Hiseq3000测试仪，测序量每周可以达2.5T的数据，相当于830个人类基因组数据；分子生物学公共平台拥有荧光定量PCR仪、超速离心等大型仪器设备，具备了开展分子生物学实验研究的基本条件。

截至2016年底，综合实验基地建成水稻育种试验区、温室、网室、冷藏室1万余平米，建设了30亩菊花资源圃。

2016年2月23日，南京林业大学校长曹福亮院士到研究所开展银杏基因组合作。

2016年9月6日，加拿大卡尔加里大学DaeKyun Ro教授来基因所学术交流。

2016年12月30日，中国农业大学杨淑华教授来基因所进行学术交流。

2017年1月17日，南京农业大学陈素梅教授来基因所开展学术交流。

2017年2月20日，特产所杨福合所长一行到基因组所开展学术交流。

2017年3月30日，哥本哈根大学姜平平副教授应邀到基因组所学术交流。

2017年5月3日，美国加州大学河滨分校徐士忠教授应邀到基因组所学术交流。

2017年6月13日，基因组所邀请优秀青年科学家开展学术交流。

2017年7月12日，美国华盛顿大学Sergey Ovchinnikov博士来研究所进行学术交流。

2017年7月20日，美国康奈尔大学Georg Jander博士访问基因组所进行学术交流。

2017年7月24日，左建儒研究员和刘宝辉教授应邀来研究所进行学术交流。

据2018年8月基因组所官网显示，基因组所在Science、Nature 、Cell等顶级学术期刊上发表SCI论文100余篇，申请专利20余项，审定国审品种2个、省审品种6个；共获得各级科技经费超过2亿元，国家和省市级项目160余项，重大和重点项目20余项，国家级项目30余项。

2015年，该所职工以第一作者或通讯作者在SCI、EI、中文期刊累计发表文章共18篇。其中，院选顶尖SCI核心期刊3篇，院选核心SCI期刊12篇，中文期刊1篇，申请发明专利一项。

熊国胜研究员和樊伟研究员为第一作者的成果入选科技部评选出的“2014年度中国科学十大进展”。

2014年7月和9月，钱前、熊国胜研究员在水稻品质调控方面的研究取得了突破，文章先后发表在Nature Genetics和Molecular Plant上；黄三文研究员在黄瓜卷须发育的机制、番茄生物钟调控机制，为培育蔬菜新品种提供了指导；黎志康团队完成了3000份国际水稻资源的重测序的工作，完成2000份水稻导入系的SNP基因型鉴定及表型鉴定和1500份水稻核心种质基因组的生物信息分析；徐建龙团队培育的优质高产水稻新品种“广两优7203”已在试验基地进行示范种植，同时在广西、广东、湖北等地已开展示范种植展示，向周边省市进行推广；阮珏研究员的三代测序组装算法和樊伟研究员的变异检测算法也取得突破。

2023年2月，由中国农业科学院深圳农业基因组研究所动物功能基因组学创新团队联合北京畜牧兽医研究所等单位培育的中农巴马小型猪3个实验用小型猪专门化品系近日被认定为中国实验动物新资源，收录于国家实验动物模型资源信息平台。

2023年，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合国内科研单位成功开发新型DNA断裂检测技术（DEtail-seq）。利用此技术，研究人员成功绘制了酿酒酵母、小鼠和人类的减数分裂DNA双链断裂图谱。相关研究成果发表在《中国科学—生命科学（Science China-Life Sciences）》上。

2023年5月4日，顶尖学术期刊《细胞》报道了中国农业科学院深圳农业基因组研究所黄三文团队的最新研究成果，题为“利用进化基因组学鉴定有害突变进而指导杂交马铃薯育种”。 该研究发明了一种新的“进化透镜”技术，能够及早发现阻碍马铃薯育种的基因组“暗礁”，避免育种“走错路”。该成果标志着我国马铃薯育种率先进入基因组设计育种新时代。

《自然·遗传学（Nature Genetics）》2024年11月4日18时在线发表了中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）周永锋团队利用人工智能进行葡萄育种的最新研究成果。该研究将大幅缩短葡萄育种周期，且对葡萄农艺性状的预测准确度高达85%。相比传统方法，育种效率可提高400%。该研究有望实现葡萄的精准设计育种，加速葡萄品种创新，并为其他多年生作物育种提供方法参考。

3M鹏博计划旨在吸引海内外一流的优秀博士毕业生来所从事博士后研究；博士后在站三年间，提供100万的工资和补贴、100万科研经费和100万创业股权投资基金（出站时需有创业基础）。

所训：潜心科研、努力创新创业

所标外围为中英文对照的所名与英文简称，标志主体以和平鸽与麦穗的造型为结合体，采用扁平的“点线”进行设计，延伸出完整的“面”，象征着世界之间多元合作和融合并进，表达了中国农业科学院深圳农业基因组研究所与国际科研事业的紧密合作、共同进步和可持续发展的愿景。

2022年，中国农业科学院深圳农业基因组研究所组学技术研究中心被授予第26届中国青年五四奖章集体。

2023年4月，中国农业科学院深圳农业基因组研究所组学技术研究中心入选广东省总工会网站公示的2023年广东省工人先锋号拟表彰集体名单。