中国农业机械化科学研究院呼和浩特分院前身是机械工业部呼和浩特畜牧机械研究所，成立于1960年。1998年11月整建制并入中国农业机械化科学研究院，1999年转制为中央直属科技型企业。

呼和浩特分院是从事畜牧业装备技术研究与产品开发并具有自营进出口权的专业科研机构，也是最早从事风能、太阳能利用研技术究的科研单位之一。

分院是全国畜牧机械行业技术归口单位，是国家草原畜牧业装备工程技术研究中心、国家地方联合太阳能干燥技术工程实验室、全国风力机械标准化技术委员会、全国农业机械标准化技术委员会畜牧机械分技术委员会、中国农业机械学会畜牧机械学会和机械工业畜牧机械产品质量监督检测中心、风力机械产品质量监督检测中心的挂靠单位，其中国家草原畜牧业装备工程技术研究中心已经成为我国草原畜牧业装备行业工程化集成化技术源头、工程化科研成果试验测试基地和中试基地、高水平工程化人才培养基地及科研成果工程化信息服务中心。

分院现有从业人员763人，其中各类专业技术人员256人，专业技术人员中高中级专业技术人员128人，其中研究员19人，获国家特殊津贴专家6人。

截止2011年分院共完成科研技术开发项目955项，包括专利123项；绝大部分在生产中得到推广应用，其中获国家级、省部级等科技成果奖104项，为国民经济建设和畜牧业机械化做出了突出贡献。进入“十一五”以来，我院共承担国家和地方重点科技项目（课题）44项，2010年被内蒙古自治区授予“国家高新技术企业自治区十强”。

2003年，我院通过了ISO9001质量管理体系和ISO14001环境管理体系认证。