1950年5月11日，
中央人民政府人民革命军事委员会作战部测绘局成立。1952年4月，改为中央人民政府人民革命军事委员会总参谋部测绘局。1954年11月，改称中国人民解放军总参谋部测绘局。1992年9月，改归
中国人民解放军总参谋部作战部建制，成为中国人民解放军总参谋部作战部测绘局。2010年至2011年间，该局更名为中国人民解放军总参谋部测绘导航局。
中华人民共和国民政部区划地名司与总参测绘导航局在出版《中华人民共和国标准地名图集》、第二次全国地名普查试点、勘界、日常地名管理等方面长期开展合作。
中共十七大以来，
国家测绘地理信息局、总参测绘导航局为落实中共中央关于推进军民融合发展的战略部署，推进了军地测绘融合发展并取得进展。根据中共十八大关于“加强军民融合式发展战略规划、体制机制建设、法规建设”的精神，2013年8月1日，国家测绘地理信息局和总参测绘导航局共同签署《关于进一步推进军地测绘融合发展协议》。