中国中医科学院中药资源中心2012年12月18日在北京正式成立。

中药资源中心设中药资源科学技术研究部、科技成果开发和技术服务部、中药资源动态监测与信息服务中心三个部门，分别负责承担开展中药资源基础和应用、资源相关科技成果的转化、动态监测等工作。三个部下设9个实验室。

2019年6月5日，荣获第二届中国生态文明奖先进集体。

2021年2月18日，被全国妇联组织公示为“全国三八红旗手（集体）”拟表彰对象。

中国在2011年启动了第四次全国中药资源普查，全面和系统地对特色中药资源的产量、分布、生产措施、社会经济环境等信息进行调查，建立中药资源动态监测服务站及网络化共享数据库系统。中国中医科学院中药资源中心的成立，是全面承接第四次全国中药资源普查成果，建设中药资源研究与生产相结合的国家平台的迫切要求。卫生部副部长、国家中医药管理局局长王国强认为，这标志着中国中医科学院在中药资源研究方面翻开了新的一页。