中国中医科学院眼科医院创建于1994年，位于北京市石景山区鲁谷路33号，是一所集医疗、科研、教学任务于一体的三级中医医院。

1994年9月30日，经国家中医药管理局批准，中国中医研究院眼科医院终于宜告成立。眼科医院成立后，正式任命唐由之兼任中国中医研究院眼科医院名誉院长，高健生任院长、庄曾渊为副院长。直到1999年12月2日，印度尼西亚瓦希德总统到眼科医院找唐由之看眼病时，眼科医院的设备虽然增加了不少，但还是片临建小平房，包括28张干部外宾病床在内的128张病床。

2007年，成为国家中医药管理局“十一五”重点专科眼科协作组牵头单位、北京市中医眼科特色诊疗中心项目建设单位、国家中医药管理局及北京市中医管理局“治未病”临床基地、国家中医药管理局中医优势学科继续教育基地、北京市中医管理局薪火传承“3+3”工程唐由之名医工作室建设单位、世界卫生组织传统医学眼科疾病诊疗方案的编制单位、北京市医保定点单位。

医院设有口腔科、内科、针灸科、骨科、急诊内科、预防保健科、消渴目病科、目系眼病科、内障眼病科、妇科、皮肤科、眼视光科、治未病科、供应室、眼功能检查科、医学检验科、药学部、眼功能实验室等临床和医技科室。

医院开放病床300张，配备OLYMPUS-LCS活细胞成像系统、BD流式细胞仪、ABI-7000荧光定量PCR仪、ABI-2720PCR扩增仪、Ettan IPGphor双向凝胶电泳系统、AlphaImager HP电泳凝胶成像系统、Evolution 300核酸蛋白分析仪、LS-55荧光分光光度计、RT-6000酶标仪、超声细胞粉碎仪、LEICA-CM1850冰冻切片机、LEICA-RM2245石蜡切片机等医疗设备。

2020年11月，被评为第六届全国文明单位。

北京市石景山区鲁谷路33号。

唐由之的白内障针拨术，从 1956 年开始理论研究，1958 年开始动物试验，1959年开创了睫状体平坦部位切口，1960年把这一传统的手术运用于临床，1966 年4月获卫生部科技成果鉴定。

2014年8月20日，中国中医科学院眼科医院眼底病二科角膜移植技术领域又实现一项新突破。7月份以来眼底病二科在谢立科主任带领下对3例角膜溃疡患者进行了板层角膜移植手术，取得圆满成功，患者对初步疗效感到满意。此次板层角膜移植术，在国内未见开展同类手术报道，在中国中医科学院眼科医院实属首次，填补了中国中医科学院眼科医院在这一技术领域的空白。