中华医学会消化病学分会简称中华消化病学分会，正式成立于1980年。1964年于天津召开的全国性内科会议上，一些消化病学者提议成立中华消化病学分会，然而由于随后文化大革命就开始了，这一提议并未得到实施。14年后，张孝骞、郑芝田、江绍基和陈敏章等著名的消化病学家计划于1978年11月在杭州召开第一次全国消化病学会议期间讨论成立中华消化病学分会，于是中华消化病学分会筹备委员会即于当时成立。

1980年，第一次全国内科会议在广州召开期间，中华消化病学分会正式成立。因此，中华消化病学分会的成立日期与地点应为1980年12月于广州。

学会的刊物《中华消化杂志》于1981年在上海创刊。在第一届中华消化病学分会委员会会议上，作出的第一个决定就是出版学会正式刊物《中华消化杂志》。杂志编辑部设在中华医学会上海分会，第一任主编为江绍基教授。1981年至1987年，《中华消化杂志》为季刊，1988年至2000年为双月刊。2001 年起改为月刊。

中华消化学分会的领导机构为全国委员会，由各省和直辖市的委员组成，下设15人的常委会，负责组织全国性及国际性的学术会议并料理日常工作，每3－4年举行1次全体委员大会并进行换届改选。第七届委员会由林三仁教授任主任委员、钱家鸣、许国铭、樊代明等教授为副主任委员，胡伏莲教授为秘书，李世荣教授为司库。许国铭教授兼《中华消化杂志》主编，学会还成立了胃肠激素、胃肠动力、幽门螺杆菌、胰腺病研究等4个学组。

2000年，中华消化病学分会加入了世界胃肠病学组织（OMGE）和亚太胃肠病学会（APAGE），成为这两个国际组织的成员。中华消化病学分会很高兴能与国外同道合作，促进和推动消化病学临床、教学和科研的发展。为加强与国外同道的学术交流，学会与墨尔本的Blackwell-Science Asia合作出版了英文版《Chinese Journal of Digestive Diseases》（季刊）。这份杂志选择《中华消化杂志》和《胃肠病学》等杂志中学术水平高的论著翻译成英文，第一期《Chinese Journal of Digestive Diseases》已于2000年出版, 2001年起每季度出版一期。

中华消化病学分会在国内每年组织若干次专题会议，进行学术交流，并对一些热点课题进行讨论以取得共识，向全国推广。我学会于1997年10月，与中华消化内镜学分会和中华肝病学分会在北京共同举办了第一届中国消化系疾病学术周，参会者来自全国29个省、市、自治区和香港特别行政区，约1600人，并有一些外国专家应邀做学术报告。第二届中国消化系疾病学术周于2001年11月6日 - 9日在上海国际会议中心召开，有2000名代表参加会议，并邀请了国内、外众多专家学者进行演讲。会议均取得了成功。

2002年 中华消化病学分会成功申办了2004亚太消化系统疾病周，于2004年10月4-7日在北京举行。