《中医古籍孤本大全》是由中国中医科学院选编、中医古籍出版社出版的大型医学系列丛书。

《中医古籍孤本大全》是在科技部和国家中医药管理局领导支持下，由中国中医科学院选编、中医古籍出版社出版的大型系列丛书。该丛书从海内外各大图书馆及私人藏书中选择宋、元、明、清各代刻本、写本、名医手稿、珍籍秘方等孤本300种影印出版。本丛书己出版4批30种，第5批25种已经影印出版。全部为宣纸、印章套红印刷，线装装帧，织锦函套，典雅精美，保持了原书风貌，具有很高的收藏鉴赏价值。

2013年5月，该图书入选2013年度国家古籍整理出版资助项目。