两栖侦察始于
第二次世界大战。同盟国海军在诺曼底和太平洋诸岛登陆作战中，使用两栖侦察获得了大量情报，对保障登陆作战实施发挥了重要作用。战后，由于海岸观察器材的发展，为隐蔽侦察企图，两栖侦察主要使用潜艇输送两栖侦察人员实施先期侦察。如1982年
马尔维纳斯群岛战争中，英国海军使用核潜艇输送蛙人实施侦察，查明了马尔维纳斯群岛（福克兰群岛）海域海岸地形、海港驻军兵力部署和军事设施等情况，为英军登陆作战提供了重要情报。
中国人民解放军在解放沿海岛屿的作战中，也曾多次实施两栖侦察，及时获取了大量作战所需的重要情报。
两栖侦察的主要任务：查明登陆场近海的水文、底质、坡度、水际滩头障碍及敌方近海防御的兵力编成、部署、阵地、火力配系等情况。可分为先期侦察和临战侦察。先期侦察是为指挥员定下登陆作战决心、制定作战计划获取情报。通常使用潜艇输送两栖侦察分队实施侦察。其输送方法是将潜艇隐蔽接近登陆场附近的预定地点，潜坐海底或在一定水深慢速航行，两栖侦察人员离艇潜游上岸，采取观察、照相、测量等手段实施侦察，完成任务后按照预先约定的时间、地点和信号返回潜艇。在近海区或地形条件不适合使用潜艇输送时，可使用侦察艇或民船利用夜暗驶至目标附近，然后两栖侦察人员潜游登岸实施侦察。对敌海面和岛屿进行侦察时，也可以使用侦察艇的侦察雷达。临战侦察是在实施登陆作战时，为查明、标示或排除水下障碍而进行的侦察。通常在火力掩护下，使用侦察艇、直升机和气垫船等输送工具输送两栖侦察分队实施侦察。