东南大学仪器科学与工程学院所属学科专业创建于1960年，于1961年开始招收研究生，是东南大学传统优势学科之一。1981年和1984年被国务院学位委员会先后批准设立“精密仪器及机械”和“测试计量技术及仪器”两个硕士学位授予点。1990年被批准设立“精密仪器及机械”博士学位授权点。1992年5月为了适应学科发展需要，精密仪器专业和检测技术及仪器专业从自动控制系分出成立了仪器科学与工程系，2006年9月成立仪器科学与工程学院。

1960年，东南大学仪器科学与工程学院所属学科专业创建。

1961年，开始招收研究生，是东南大学传统优势学科之一。

1981年和1984年，被国务院学位委员会先后批准设立“精密仪器及机械”和“测试计量技术及仪器”两个硕士学位授予点。

1990年，被批准设立“精密仪器及机械”博士学位授权点。

1992年5月，为了适应学科发展需要，精密仪器专业和检测技术及仪器专业从自动控制系分出成立了仪器科学与工程系。

2006年9月，成立仪器科学与工程学院。

学院建有“微惯性仪表与先进导航技术”教育部重点实验室、“远程测控技术”江苏省重点实验室、“土地实地调查监测技术”国土资源部重点实验室、“农业物联网感知与系统控制”江苏省工程实验室；并参与共建“生物电子学”国家重点实验室、“火电机组振动国家工程研究中心”、“智慧建造与运维国家地方联合工程研究中心”。

学院由院机关、一个教学实验中心和六个研究所组成，测控技术教学实验研究中心、先进导航技术研究所、微惯性系统及器件研究所、信息导航与智能测控研究所、机器人传感与控制技术研究所、空间信息与导航定位研究所、汽车安全技术与虚拟现实研究所。

学院积极开展国际科技合作与交流，同美国麻省理工学院、西北大学、马里兰大学、加拿大维多利亚大学、瑞士核子中心、意大利都灵理工大学、日本早稻田大学、俄罗斯莫斯科大学、澳大利亚卧龙岗大学等国外知名大学建立了良好的合作关系。

据2022年5月消息，东南大学仪器科学与工程学院与歌尔股份有限公司合作签约仪式举行。学院有关负责人表示，高校的研究资源和企业的实际需求相结合是十分有意义的，期望双方充分发挥各自的优势，合作共赢。东大歌尔合作项目负责人李欢对歌乐股份有限公司和相关研究项目进行了详细的介绍。参会双方结合各自分管工作，围绕科学研究、人才培养、平台建设和多方面交流合作等诸多方面进行了充分自由的发言与交流研讨，一致表示，今后要加强相互交流与沟通，不断增加相互了解，可以信托仪科学院，从而联系全校各方资源，开展双方的全面合作。