因国民党军队进犯东北，书店随人民解放军撤离，在佳木斯建总店，在哈尔滨、齐齐哈尔、北安、牡丹江等城市设分店。随着北满解放区的巩固和发展,1947年 4月,总店迁至哈尔滨、设编辑、出版、发行、经理 4个部。李文任总经理，周保昌、
卢鸣谷任副总经理。1948年初，在东北局宣传部长凯丰主持下，编辑出版东北版《
毛泽东选集》。同年冬，东北全境解放，总店迁回沈阳，在哈尔滨、长春、沈阳设印刷厂，在沈阳郊区的苏家屯设造纸厂。东北解放战争期间，共建成201个分支店,发行网点遍及东北全区城镇。1949年7月，改名东北新华书店。从成立到1950年底,共计出书1000余种。还出版发行《知识》《翻身乐》(后改名《新农村》)《东北文学》《东北教育》东北画报(总发行)等期刊。1951年1月，东北新华书店改组，编辑出版部门改制为东北人民出版社，印刷部门改为长春、沈阳新华印刷厂(哈尔滨厂并入沈阳厂)，发行部门改为新华书店东北总分店。以总经理室为基础，成立东北人民政府出版局。