专项能源审计是对初步审计中发现的重点能耗环节，针对性地进行的能源审计。

当初步能源审计后，发现企业的某一方面或系统存在着明显的能源浪费现象，或者进行投资项目也可以进行专项能源审计。通过专项能源审计可以进一步对该方面或系统进行封闭的测试计算和审计分析，查找出具体的浪费原因，提出具体的节能技改项目和措施，并对其进行定量的经济技术评价分析。

专项能源审计包括：

(1)企业能源管理状况审计；

(2)企业综合能耗审计；

(3)企业主要用能设备能源利用效率审计；

(4)企业能源成本审计；

(5)企业用电审计；

(6)企业用油审计；

(7)投资项目能源审计。

投资项目的专项能源审计包括：对重大固定资产投资项目要通过能源审计编制节能篇；对企业的综合利用项目和热电联产项目，要进行专项能源审计，可以更加准确地核实企业的综合利用水平或热电联产水平，一方面给企业提出相应的整改措施和建设方案；另一方面使企业能够正确合理地享受国家的优惠政策(如热电比大于50%～100%，总热效率大于45%，新建热电厂或扩建热电厂的增容部分免交上网配套费。电网管理部门应允许并网)。对重大节能投资项目也要进行节能技措项目审计，节能技措项目审计主要内容包括：项目投入总资金、节能量、节能经济效益，以及项目的财务经济分析评价，审计结果可为节能示范项目的推广和验收提供客观公正的依据。

专项能源审计重点突出，目标明确，效果显著。政府可根据实际情况不定期进行。