专用基金工程支出是用各种专用基金进行各种需要安装的专项工程所发生的实际支出和工程成本。企业用各种专用基金进行的专项工程与“专用拨款工程”、“专用借款工程”统一用“专项工程”或“修建工程”总帐帐户进行核算，并设置相应的明细帐户。专用基金工程的资金来源包括： 更新改造基金、福利基金、企业留利基金、大修理基金和建设基金等。企业提取的大修理基金不敷支出时，可向银行申请大修理借款，用以后提取的大修理基金偿还。

大修理基金工程除结合技术改造的工程外不增加固定资产价值，工程完工后，即行冲转“专项工程”或“修建工程”和大修理基金。符合固定资产标准的，按工程实际成本增加“固定资产”和“固定资金”或“公积金”，并冲转专项工程”或“修建工程”和有关专用基金帐项。企业拨给有关单位专用基金作为基本建设自筹资金时，要通过“专项工程”或修建工程——拨付基建工程款”处理，不直接冲减各项专用基金。待工程完工后按决算的工程成本作如上处理。