一天，在汉江边，人们发现了一具无名尸体。接到侦破任务的吴刑警（
李政宰饰）在侦破此案的过程中意外发现一个秘密，那就是此案与50年前“6·25”战争时期，俘虏收容所内发生的事情有着千丝万缕的联系。于是引发了50年前那段不堪回首的往事。
俘虏营内的暴动被压制后，为护理受伤的俘虏，孙智慧（
李美妍饰）被允许来到俘虏营。自从身为共产党秘密地下组织首领的父亲被敌人残酷杀害后，孙智慧为继承父亲的遗志， 以修女的身份做掩护进入俘虏营内，以便与关在营内的地下组织取得联系并营救遇难的同志们，“黑水仙”就是她的代号。
《黑水仙》以南北韩1952年的政治战争为导引，像猜谜一样一层层揭开巨济岛俘虏收容所发生的秘密。影片最成功的地方是剧本的成功。充实的历史背景，南北韩内战双方的残暴，加上有条不紊的叙事手法，结合成细密的布局，天长地久的爱情画龙点睛地为人性最优美动人的一面落墨。在充满了优质商业电影元素之余，电影透露出来的非政治化意识使人在纷乱的政治争论里得到片刻的逃避空间，或是永恒的控诉。（腾讯娱乐、新浪娱乐评）