上饶师范学院朱子学研究所前身为1989年成立的上饶师专朱子学研究室，1993年组建为朱子学研究所。2003年被江西省教育厅批准确定为高校人文科学重点研究基地。研究基地主任、学术带头人吴长庚教授享受国务院特殊津贴，副所长徐公喜教授负责所内日常行政与科研工作。

研究所属于人文基础性研究的学术研究机构，主要研究方向为：儒学与文化交流、朱熹理学思想研究、儒学文献整理与研究，形成了以朱子学研究为中心，拓及理学、儒学乃至中国传统文化的立体式研究框架。目前，是我国高等院校中唯一的朱子学专门研究机构。该所共有专兼职研究人员20名，其中教授7名，副教授9名，具有博士学位者3名。

研究所自1989年以来与中国社会科学院历史研究所共同创办专业性刊物——《朱子学刊》，已出版发行16辑，影响海内外。该刊被《解放日报》誉为“国内朱子学研究领域唯一的一份权威性刊物”。所内研究人员代表性论著成果有：吴长庚《朱陆学术考辨五种》、《朱熹文学思想论》、《鹅湖峰顶志笺注》，徐公喜《朱熹理学法律思想研究》，另有《朱熹教育思想论稿》、《朱熹的史学思想》、《朱熹自然哲学思想论稿》、《朱熹经学与中国经学》等。此外，还陆续在大陆及港台专业性学术刊物如《中国哲学史》、《哲学动态》、《孔孟月刊》、《鹅湖》、《孔子研究》、《船山学刊》等发表论文数十篇。近三年该所承担国家社科规划子课题1项、省部级项目7项和省教育厅项目15项，出版专著2部、参与学术著作3部，发表学术论文59篇，获省级奖励3项。目前正在进行的课题有：《儒藏精华》之《春秋》类点校、朱子研究数据库、朱熹与江西理学研究、理学渊源考辩、理学家法律思想研究、宋元朱子学传播与接受研究、六经图碑研究与开发、朱子学在越南的传播研究、辛派词人研究等。为服务社会、弘扬历史文化，该所还发挥其地域性文化研究的传统优势，承担了上饶市委上饶历史文化丛书《上饶历史名人》的主编与撰稿工作。