上游引物是DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5'位有个磷酸，3'位是-OH，也就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5’端到3’端，因为DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。

术语简介

引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。

我们已经知道3‘——5’这条链为负链，其引物为正向引物（又称为有义链引物（sense））。同样，互补链5‘——3’为正链，5‘——3'这条链的引物就叫做反向引物（又称为反义链引物（antisense））。