经济研究所前身为中国科学院上海经济研究所，成立于1956年。1958年9月与中国科学院上海历史研究所、
上海财经学院、
华东政法学院及
复旦大学法律系合并成立上海社科院。主要从事政治经济学、工业经济、农业经济、贸易经济、城市经济、经济史等学科或专业的研究。
1966年后科研工作因文革中断。1978年10月复院后，在原经济研究所的基础上分设经济研究所、部门经济研究所和世界经济研究所三个研究所，其中经济研究所主要从事政治经济学、经济史和经济思想史研究。
经济研究所成立以来，出版了《政治经济学教材（社会主义部分）》等数十部专著，其中改革开放后撰写的《社会必要产品论》获1986年孙冶方经济学奖。所内拥有一批享有声誉的学者，第一任所长沈志远于1955年当选为首批
中国科学院学部委员，原副所长、原上海社会科学院院长张仲礼于2004年获上海市首届学术贡献奖，雍文远研究员于2008年获上海市第三届学术贡献奖。
经济研究所现设有宏观经济与改革开放研究室、上海经济与区域经济研究室、企业发展研究室、金融与资本市场研究室、经济景气与预测研究室、就业与社会保障研究室、公共经济与管理研究室、人口经济研究室、经济史研究室、经济思想史研究室，以及中国企业史资料研究中心等机构，公开发行《
上海经济研究》杂志，每年编辑出版《上海经济发展蓝皮书》。
经济研究所重视经济学基础理论研究，强调理论与实践相结合，重点研究我国社会主义改革开放和发展中出现的大量理论和实践问题，并积极参与政府政策咨询和企业改革的实践。历年来，承担国家级课题30余项，上海市课题60余项。成果获10多个全国性奖项，60多个市级奖项。经济研究所的政治经济学和中国近现代经济史被列为
上海社会科学院重点学科，劳动就业与社会保障和数量经济学被列为院特色学科，城市发展战略研究成为上海市哲学社会科学规划办研究基地和上海市发展研究中心工作室。
随着上海社科院于1981年经
国务院学位委员会批准作为首批硕士学位授权单位，经济研究所的政治经济学、中国经济史、经济思想史为硕士学位授予点。1986年被批准为政治经济学博士学位授予点， 2006年，与上海社科院世界经济研究所一道被批准为理论经济学一级学科博士学位授予点，拥有政治经济学、经济思想史、中国经济史、人口资源环境经济学和西方经济学（与世界经济研究所共同拥有）等二级学科博士学位授予点，硕士学位授予点也扩展到上述二级学科。经济所建有理论经济学
博士后流动站。