为了适应我国农业迅速发展的需要，切实贯彻上海市“科教兴市”、“人才强市”战略，推动上海经济的进一步发展，加快构建上海都市型农业现代化进程，2005年8月由上海海洋大学（原
上海水产大学）与上海农业科学研究院组合建立了上海海洋大学农业研究院。
上海海洋大学农业研究院以培养研究生为主，推动双方科研、教学全方位合作，形成高校教师和科研院所研究人员之间有序、合理的流动机制。农业研究院同时悬挂上海市学位委员会统一制作的“上海研究生联合培养协作单位”的称号。
农业研究院下设四个中心：农业生物技术中心、农业遗传育种中心、农业环境科学与工程技术中心、应用微生物技术中心。中心由双方教师和研究人员组成，作为研究生培养基地和科研合作平台。