但是，中国渔业面对资源、环境、食品安全、市场需求等方面的挑战，需要在总结经验的基础上, 进行探索和创新，提高理性的认识，提高决策的科学性和可预见性，实现我国渔业可持续发展的战略目标。为此国家
农业部渔业局、上海水产大学和
中国水产科学研究院联合组建了中国渔业发展战略研究中心。
研究中心作为我国渔业重要的科研、人才培养基地和科技信息交流的窗口，其基本任务是创造良好的科研条件和学术环境，吸引国内外优秀专家、学者，展开高水平的理论与应用研究，促进学科交叉基地和新学科的形成与发展，培养、造就渔业发展战略研究的高层次人才。
研究中心以落实科学发展观，建设文明、和谐新渔村为宗旨，研究如何构建有中国特色的社会主义新渔村建设体系，促进渔区社会的全面发展；如何确保水产品安全供给、确保渔民收入持续增长；如何进一步加强渔业可持续发展的制度体系、产业政策和可持续发展的理论研究，为行政决策部门提供可靠的理论依据，进而增强我国渔业产业的国际竞争力，加快我国渔业可持续发展的进程。
研究中心从2006年起正式设立开放式研究基金，主要用于渔业政策与法规、渔业发展战略、渔业产业及生态环境、水产品贸易与流通、渔业文化和渔业信息及相关领域项目的研究。研究基金采用自由申报、专家评审的方式，确定课题主持人和研究课题，确保研究课题的质量和研究方向，使基金能够得到合理利用和配置。