上海市肿瘤研究所（Shanghai Cancer Institute）又名上海交通大学肿瘤研究所、上海交通大学医学院附属仁济医院上海市肿瘤研究所，成立于1958年，隶属于上海市卫计委。

1958年11月，上海第一医学院附属肿瘤医院病理科选派10位医技人员，建立组织化学和组织培养两个实验室，成立上海市肿瘤研究所。其时上海市肿瘤研究所建制与所址均属肿瘤医院，受市卫生局和上海第一医学院双重领导。

“文革”期间，上海市肿瘤研究所行政隶属划归上海市卫生局。

1980年，上海市肿瘤研究所与世界卫生组织合作，建立世界卫生组织癌症预防与控制合作中心。

1985年国家计委正式批准在研究所筹建癌基因及相关基因国家重点实验室，并于1987年通过验收并对外开放。

2003年3月，上海市卫生局与上海交通大学合作，共建上海市肿瘤研究所，并增设其第二冠名为上海交通大学肿瘤研究所。

2010年9月，上海市卫生局与上海交通大学医学院合作，共建上海市肿瘤研究所，同时与上海交通大学医学院附属仁济医院实行“院所合一”模式，并增设其第三冠名为上海交通大学医学院附属仁济医院上海市肿瘤研究所。

2019年，隶属关系由上海市卫生健康委员会划转至上海市教育委员会。

截至2022年底，肿瘤所共有在编职工165人，其中科技人员141人，有中国工程院院士1人、终身教授1人、长江学者1人。具有高级专业技术职称者37人，博士学历103人，研究生导师32人（博导21人、硕导11人）。肿瘤所多次荣获国家和上海市各级人才计划，包括国家杰出青年、国家优秀青年、国家新世纪百千万人才工程、国家万人计划青年拔尖人才、教育部新世纪人才计划、上海市领军人才、上海市优秀学科带头人、上海市曙光学者和上海市东方学者等。

“十三五”期间，先后从国内外招录引进83名有潜质的优秀青年人才来所工作，其中包括“东方学者”1名和高水平院校博士63名，有45余人次先后入选了国家和上海市的各类人才计划，其中包括国家优青、国家杰青、国家万人计划青年拔尖人才、上海市优秀学科带头人、上海市领军人才、上海市千人计划、东方学者、上海市青年拔尖人才、上海市人才发展资金、上海市科技启明星和上海市重点人才计划等。

中国工程院院士：顾健人、王红阳

截至2022年底，肿瘤所设有癌基因与相关基因国家重点实验室，组建由17个PI研究团队和9个青年PI研究团队。

胆胰肿瘤临床与基础研究研究组、肿瘤微环境研究组、微纳米技术与生物医学研究组、肿瘤分子病理学研究组、纳米靶向治疗研究组、生物治疗研究组、肿瘤病因及系统性调控研究组、肿瘤分子调控研究组、肿瘤代谢研究组、肿瘤与代谢/炎症性疾病组、肿瘤功能基因及靶向治疗研究组、癌症生物学起源与肿瘤免疫微环境、肿瘤与细胞受体研究组、前列腺癌进展转移及靶向治疗开发研究组、肝癌功能基因组学研究组、生物材料转化医学课题组、炎症及炎症相关肿瘤研究组、流行病学研究室、肿瘤免疫调节研究组、肿瘤个性化诊疗研究组、神经递质与肿瘤微环境研究组、肿瘤基因及表观遗传调控研究组、肿瘤表观遗传与计算生物学研究组

截至2022年底，肿瘤所实验场地面积共26820平方米，其中徐汇园区（斜土路2200弄25号）7820平方米，浦东园区（东方路1630号科研楼）16000平方米，闵行园区（上海交大文选楼）3000平方米。

肿瘤所科学研究公共平台由基因组学分析亚平台、蛋白组学分析亚平台、代谢组学分析亚平台、光学成像分析亚平台、细胞分析亚平台、分子生物学亚平台、纳米技术研究亚平台七个亚平台组成，拥有定性/定量AB Sciex 5600/6500质谱系统、Thermo Ion Proton二代测序系统、Beckman MoFlo XDP/ Astrios流式分选平台、小动物活体成像/活体计算机断层扫描系统、蛋白质相互作用分析系统（Akata蛋白质纯化、Biacore蛋白质相互作用、全自动Wes蛋白质印迹系统），影像学分析平台（荧光显微镜、单光子共聚焦显微镜及双光子共聚焦显微镜）等六十余套大型仪器设备以及符合国家标准的免疫缺陷实验动物中心等大型设施，这些仪器设备同时加入了上海市研发公共服务平台。平台设备总投资已经达到1亿元。

“十三五” 期间，肿瘤所产出了一批科研成果。

新增各类纵向科研项目295项（国家级项目80项），新增科研经费达到了9586万元。其中，包括国自然重点国际（地区）合作研究项目1项，国自然重点项目1项，新增科技部重大专项和重点研发子课题5项。新增NSFC项目80项，新增NSFC项目经费3989万元。

共发表SCI论文257篇，平均影响因子为7.02，其中IF ≥10 的文章54篇。2019年论文首次登上《Nature》主刊，影响因子达到43.07。共申请发明专利59项，授权专利17项；其中有4项重要专利成果成功获得转化，转让金额达到1206万元。

《肿瘤》杂志是由中华人民共和国教育部主管，上海市肿瘤研究所、上海交通大学医学院附属仁济医院共同主办的专业性学术刊物，1981年创刊，国内外公开发行。

杂志被中国科学技术中心及其他权威机构确认为“中国科技论文统计源期刊”“北大核心期刊”“中国科学引文数据库”，并被国际著录的美国《化学文摘》（CA）数据库和其他重要的数据库收录。

肿瘤所于1979年开始招收研究生，先后依托上海第二医科大学、上海医科大学基础医学院及公共卫生学院、复旦大学上海医学院基础医学院及公共卫生学院、上海交通大学医学院及上海交通大学生物医学工程学院招生。

“十三五”期间，肿瘤所共招收研究生104名，其中博士49人，共毕业86名研究生，其中上海市优秀毕业生5人，校级优秀毕业生14人，获国家奖学金7人。

研究所所徽主体为一只被剑贯穿的螃蟹。

古希腊希波克拉底时代，描述癌症的“karkinos”出现在了医学文献中，该词来自于希腊语“螃蟹”一词。公元47年左右，塞尔苏斯用拉丁文编纂百科全书时，使用了拉丁文的螃蟹 cancer 来命名癌症，并为英文所接受。

被剑贯穿的螃蟹象征着研究所攻克肿瘤的使命。