上海市病毒研究院由上海市人民政府和
上海交通大学共同建设，研究院将整合上海交通大学医学院在病毒学相关领域的学科优势，围绕病毒演化与跨宿主传播机制、
病毒相关重大疾病致病机制和病毒感染诊断治疗及转化等三大研究方向，着力打造具有国际影响力的病毒学研究创新策源地和转化高地，建设成为全球病毒学研究和转化高峰人才集聚地和培育地。
为对接上海加快建设具有全球影响力的科技创新中心的战略目标，加速全球公共卫生最安全城市建设，在上海搭建致力于病毒学源头创新和临床转化的高水平研究机构，由上海交通大学
林忠钦、
宁光和
范先群三位院士建议，得到时任上海市委书记
李强同志“应予支持”的批示，经上海市人民政府批准，于2022年9月26日在
上海交通大学医学院成立上海市病毒研究院（以下简称“研究院”），为具有独立法人资格的市级新型科研机构。
上海市病毒研究院将在上海市政府和上海交通大学医学院的共同支持下，遵循“需求导向、共建共享、开放合作、创新驱动”的原则，发挥上海交通大学、医学院及其附属医院的学科优势，并整合国内外病毒基础研究和病毒相关临床疾病防治等方面的多学科力量，以病毒学相关基础和应用研究为切入点，聚焦病毒演化与跨宿主传播机制研究、病毒相关感染性疾病和肿瘤致病机制研究和病毒感染诊断治疗及转化研究等三大方向开展基础和转化研究。依托于即将投入建设的能够开展非人灵长类动物实验的生物安全三级实验室实验平台，进一步推动病毒学相关的基础-临床-转化-产业的融合发展。
上海市病毒研究院将立足浦东，面向全国，力争在5-10年内将研究院建设成为具有国际影响力的病毒学研究和核心技术创新策源地，临床与基础贯通的病毒性疾病研究和转化高地，全球病毒学研究和转化高峰人才集聚地和培育地。
成立至 今，上海市病毒研究院积极组建和引进研究团队，现有研究骨干包括国家自然基金委杰出基金获得者，国家自然科学基金位杰出优秀青年基金获得者，海外高层次青年人才项目入选者等国家级和省部级人才等，2024年将入驻上海交通大学医学院浦东新校区旁12000平方米的实验场地，由此打造一流学术水平和高水平技术平台。交大医学院将从学科建设，人才队伍建设和研究生培养给予研究院的发展大力支持。