上海市农业科学院生态环境保护研究所由环境科学研究所、植物保护研究所于2002年7月合并，现有职工86人，其中科技人员66人，（高级职称21人，具有博士、硕士学位28人）。
根据上海现代化都市型生态
农业定位设有：应用微生物、有害生物调控、绿化养护技术、
农业环境保护、植物营养等5个研究室及“上海爱亿科技发展经营公司”、“上海东保草坪保护
有限公司”2个科技型企业。
上海市农业环境保护监测站和农业部药检所定点“农药残留分析实验室”设在该所内。
生态所确定的发展方向为：环境科学和绿色技术的开发研究；持续农业和新型肥料的开发研究；设施农业条件下，水肥现代化调控技术研究；
经济作物和城市绿化等植物的病虫草害发生规律、综合治理技术研究；有益微生物的开发应用研究；生态环境保护研究等。承担市科委、市农委等各级科研项目30余项。自
1990年以来，主持获省、市级以上科技进步奖40多项。
目前生态所与加拿大国际磷钾研究所，
日本东京大学、神户大学、琵琶湖研究所，澳大利亚联邦研究院等单位建立了密切学术交流与合作研究关系。