90年代中期，根据管理学科和我国经济发展的需要，本学科点对学科方向作了及时调整：（1）依托社会经济系统工程的传统优势，大力发展
金融工程，注重运用系统工程的方法论、理论和工具研究金融问题，取得了较好的效果。（2）将系统工程方法论的研究与当前的经济管理热点，如社会经济可持续发展、企业兼并、技术创新和城市信息化等密切结合起来，使学科发展与人才培养紧扣时代发展脉搏。（3）系统仿真与
管理信息系统相结合，不仅注重理论、方法和应用的开拓，也十分重视对其他研究方向的支撑。（4）加强与工科专业的合作，努力发展工业工程，在生产运作管理、供应链和物流管理等领域取得了成果。
二十年来，教育部、上海市教委和上海交通大学对本学科点十分重视，多次给予重要支持。“九五”期间，上海市教委投入50万元，重点启动“企业兼并仿真实验系统”等五个研究项目；学校配套投入56万元，改善设备和加强教材建设。1999年，本学科点又得到学校985项目300万元的投入，加强重点研究方向的学科建设。在有关各方的大力支持和王浣尘、吴健中等教授带领下，本学科点以学科发展为龙头，在各方面都取得了长足的进步。
（1）在科研项目方面：承接和完成了包括
国家杰出青年科学基金、
国家自然科学基金、
国家社会科学基金、国家“863”高技术计划、教育部跨世纪优秀人才基金、教育部优秀青年教师基金、上海市政府重大决策咨询项目、上海市重点学科基金、上海市科技启明星计划、上海市曙光计划等重要科研项目；先后获得国家级科技进步一等奖1项（1993年），三等奖1项，省部级科技进步奖20余项。
（4）在国际学术交流方面：与
美国麻省理工学院在技术管理与创新领域有密切的合作关系，双方定期互派学者交流并合作建立了研究中心；与加拿大不列颠哥伦比亚大学和
香港城市大学在产业组织与管理领域保持合作，定期派遣访问学者去那里做合作研究；与
日本东京工业大学在
管理信息系统领域合作开展研究和举办学术会议。近五年里，本学科点组织或承办了三次国际学术会议，尤其是2000年在上海金贸大厦举行的“亚太金融学会第七届年会”，与会者超过500人，海外学者达200人。
（5）在研究基地建设方面：陆续建立了一批专业实验室和研究中心，包括“现代金融研究中心”（与国内外金融机构联合）、“金融工程实验室”、“路透国际金融工作室”、“产业组织与技术创新研究中心”（与MIT合作）、“信息化与互联网经济研究中心”（与上海市信息办合作）和“物流与营运实验室”等。目前，学科点正努力把这些实验室和研究中心建设成为全国性的开放型研究基地。