上海交通大学档案馆于1986年4月12日成立，是全国高校中最早成立的档案馆之一。设有馆长室、办公室、档案业务指导监督室（简称一室）、档案保管利用室（简称二室）、档案科学及史料应用研究室（简称三室）五个室。

档案馆和校史博物馆实行“两块牌子，一套班子”，合署办公，现有在编人员24人，其中具有高级职称的3人，中级职称的10人。

一室的主要职责是：全面负责学校各个门类的档案材料的接收整理和归档工作及校史文献、文物的征集工作，对全校专兼职档案员进行业务指导和监督检查。

二室的主要职责是：全面负责案卷接收、档案保管、提供利用和统计等项工作，编制各种检索工具，进行档案的计算机管理。

三室的主要职责是：开展档案科学、档案史料应用及博物馆学研究，参与编史修志。

档案馆馆藏档案分4个全宗，包括历史、党政、教学、科研、基建、设备、出版、外事、会计、产品、校友人物等十二个门类和一个声像载体，截止1996年年底统计，档案总数已达58688卷，排架长度为1543.93米。

1994年12月，学校档案管理工作通过国家档案局考评，我校成为全国高校中首家“国家一级档案管理单位”。1995年11月，国家档案局、中央档案馆授予校档案馆“全国档案工作先进集体”称号。1997年3月，我馆荣获上海市妇联颁发的“上海市1995-1996年三八红旗集体”奖状。在上海市“七五”和“八五”期间重大科研成果项目档案检查评比中，我校各有一个项目的档案被评为一等奖。