三阶段论是关于科学认识发展的逻辑顺序的一种学说。1936年，日本物理学家武谷三男（1911- ）在《自然辩证法从空想到科学的发展》等文中提出。认为人类对于自然的科学认识发展过程有三个阶段：(1)现象论阶段。主要描述观察现象和实验结果，所描述的个别事实，相当于黑格尔概念论中的个别判断，是科学认识的自在阶段。(2)实体论阶段。主要整理有关现象的描述，探索有关产生现象的实体结构，寻求规律性的知识，所探寻的是特殊实体结构在特殊情况下具有的特殊现象，相当于黑格尔概念论中的特殊判断，是科学认识的自为阶段。(3)本质论阶段。主要揭示实体间相互作用的规律，相当于黑格尔概念论中的普遍判断，是科学认识的自在自为阶段。科学认识大体按照这三个阶段的顺序循环往复向前发展。人类对于自然的科学认识的三阶段逻辑发展顺序，是由自然界本身具有的现象、实体、本质的结构所决定的。在实际的科学认识活动中，三阶段的逻辑顺序并不是绝对固定的。由于科学的发展受到社会生产技术和社会意识形态状况的制约，人们对自然事物的认识顺序会出现错综复杂的形态，有时两个阶段或三个阶段发生相互变错。日本物理学家汤川秀树（1907-1981）、坂田昌一和武谷三男在建立介子理论时，都把三阶段作为方法论指导原则。

三阶段论：

第一阶段：1949-1959，恢复周口店遗址的发掘工作和配合基本建设开展旧石器时代遗址的考察；

第二阶段，1960-1986，带有学术目的对心得区域进行调查和发掘；

第三阶段：1971年至今，开展全国性的调查和发掘，同时为各省区培养旧石器时代考古人才