但记者在采访中了解到，三都湾湿地一直得不到有效保护。有这么一组数字：自新中国成立以来，三都湾已围海造地100多处，围垦面积1.1万多公顷。目前在建和已规划的围海造地项目还有12处，规划面积6200多公顷。
——环境污染。湾内沿岸目前居住着约60万人，一方面由于城市生活和工农业污水有的未经处理，随意排入海中，海水受到严重污染，导致水禽不正常繁殖和大量死亡。另一方面，由于人类活动对滩涂植被特别是
红树林的毁灭性破坏和大量外来有害生物（如大米草）的入侵，使得滩涂生态群落更加单一化，水禽被迫另择他处。
——过度捕捞和捕猎。随着人口数量的不断增长，人为活动日趋频繁，海上船只往来不断，滩涂上到处都有渔猎耕作，并且使用破坏性较大的耕作方式与工具，湾内不但生物量锐减，而且严重干扰了水鸟的栖息、觅食等正常活动；同时，一些不法商贩不择手段滥捕、滥猎野生水鸟，致使不少水鸟不但无立锥之地，还难逃灭顶之灾。
应如何着手解决这个问题呢？有关专家认为，首先必须加快保护湿地的立法步伐。禁止进一步围海造田，特别是在建立经济开发区，修建工厂、铁路时，应考虑生态环境保护，做到有法可依，依法办事；必须在三都湾沿岸建立若干污水处理厂，对污水实行达标排放，禁止或限制使用有毒有害农药；必须保护现存红树林，逐步恢复、种植红树林，用红树林遏制大米草生长，恢复生物多样性；必须尽快建立三都湾国家级自然保护机构，制定相关政策，改变传统的渔猎方式，将浅海滩涂纳入休渔范围，划出禁捕区，规定禁捕期、禁捕工具；必须尽快成立野生动植物保护管理站和保护协会组织机构，增加野生动植物保护力量。