三联密码子是基因表达过程中每三对核苷酸的序列对应于新合成蛋白分子中一种氨基酸的关系。既存在于脱氧核糖核酸分子中，也存在于信使核糖核酸中。基因所负载的遗传信息，由脱氧核糖核酸双螺旋大分子中排列有序的四种碱基对存贮。在基因表达过程中，碱基对序列转换成新合成蛋白质中氨基酸的排列顺序。从理论上讲，四种核苷酸的三联体可能有64种表达的可能性。

其中除三个表达蛋白质多肽链终止外，应有61种氨基酸密码子。事实上，生物机体中仅有20种氨基酸的遗传密码，故一种氨基酸可有几种不同的三联密码子。除蛋白质组成中常见的20种氨基酸外，还有四种氨基酸，只出现在少数特殊蛋白分子中，在普通蛋白基因表达后，通过酶促化学修饰转变而成，不存在遗传密码子。还有些氨基酸，以游离状态存在于机体中，并不出现在蛋白质多肽链内，也没有遗传密码子。