三明市真菌研究所建于1962年，隶属于三明市科委，是国内成立最早的真菌专业独立研究机构，现为全国真菌专业骨干科研所和华东地区食用菌科研协作组组长单位。

三明市真菌科研所以真菌开发、应用研究为主要任务，从事真菌的资料调查、分类、遗传、生理生化、育种驯化、新药研制、深度加工等的研究。

主要活动包括：野生真菌资源调查、开发和菌种分离驯化；优良菌株的选育及高产栽培技术的实验与推广；药用真菌的开发和新药的研制；真菌病虫害防治技术研究与应用推广；保健食品的开发研制和真菌产品学度加工；真菌技术情报资料的收藏、利用；《真菌试验》《应用菌物学》的编辑出版。该所主要科研成果和推广、转让及咨询服务项目有：武夷山、梅花山及全国主要区域的菌类资源调查；灰树花等野生真菌分离和银丝草菇、珍珠菇杯覃人工驯化栽培技术研究；金针菇、香菇、银耳、黑（毛）木耳、草菇等优良菌株选育及高产栽培技术；食用菌综合开发；人才培训；茯苓多糖的研制和维儿康、香菇松等保健食品的开发；天麻密环菌片、银蜜片、冠脉乐等真菌药物和150多种近千个品种的真菌优良菌种的供应；科技资料检索和翻译等。