三岛神社是主祭大山祇命，配祀上津姬命（磐长姬命）和下津姬命（木花开耶姬命）的神社，历代宫司都由河野通有的子孙担任。
祭祀主神
三岛神社的祭神是大山祇命。“山祇命”表示“持山而坐”的意思，大山祇命是山的神明。另外，大山祇命在《伊予国风土记》中被认为是和多志大神。
大山祇命是天照大御神的兄长，被称为日本总镇守之神。作为配祀的上津姬命被认为是磐长姬命，下津姬命被认为是木花开耶姬命，相当于大山祇命的女儿。关于这对姐妹，有如下的神话。是的。
天照大御神的孙子迩迩艺命从高天原降临，与美丽的木花开耶姬命相遇，一见钟情。于是，她去父亲大山祇命那里取得结婚许可，大山祇命非常高兴，将姐姐磐长姬命一起嫁给迩迩艺命。但是迩迩艺命觉得磐长姬命太丑了，就把她赶走了。其实，大山祇命献出磐长姬命，是基于迩迩艺命的生命如磐石般恒久的誓约。
现在，磐长姬命被信仰为长寿的守护神，而木花开耶姬命因为传说中在火中产下迩迩艺命的孩子，被认为是火神和安产之神。
历史迁座
弘安4年(1281年)，元日战争时，河野通有向氏神大山祗神社(三岛大明神)祈愿胜利后出阵，在大山祗神社的神使白鹭的指引下取得胜利。据说在归阵之际，根据梦中神的指示，在武藏国丰岛郡迎接三岛大明神的分灵，迁座镇祭到上野山内的河野氏的馆里。
庆安3年(1650年)，德川三代将军家光公命令社地迁移，迁座金杉村(现在的台东区根岸)。宝永7年(1710年)，由于社地被指定为幕府的御用地，迁至浅草小扬町(现在的台东区寿)。
但是，由于氏神离得太远，氏子们都很困扰，所以将分灵劝请到金杉村字金杉町(现在的台东区下谷)。这就是现在的三岛神社。三岛神社的宫司历代都由河野通有的子孙担任。
主要祭典
元旦祭（岁氮祭）
这是新年伊始祈祷国家繁荣昌盛、生活在这个国家的各位家庭平安、阖家繁荣的节日。在全年活动中，是仅次于大祭的重要祭典，迎接岁神并祭祀。岁神是保佑我们在新的一年收获丰硕谷物的神明，也是赐予我们生命的神明。
节分祭（追傩祭）
立春的前一天，即节分之日，举行被称为“追傩”或“鬼傩”的驱邪仪式。町内装扮成赤鬼、青鬼的人们，随着太鼓声出现在神社的拜殿，一边念着“鬼出去，福进来”，一边撒豆驱除鬼。
祈年祭
祈愿五谷丰登、国家繁荣的大祭，与十一月的新尝祭相对。这一天神社的正殿会打开门，是祈求保佑的祭神仪式。