三宝院，日本真言宗醍醐寺直属寺院（又称‘塔头’）。位于京都市伏见区醍醐东大路町。为醍醐五门迹之一

【三宝院】

；明治维新以前，一直为修验道当山派的本山。系醍醐寺十四世座主胜觉于永久三年（1115）所创建。初号灌顶院，后改称三宝院。康治二年（1143）， 敕列为御愿寺。正治二年（1200）、贞永元年（1232）二度遭火灾烧毁，后由宪深、定济再建。文保二年（1318），又遭祝融肆虐，后复兴重建。

该院原采一山轮住制，传至定济时，改采独住制。又，第二十一世贤俊受足利尊氏的外护，改筑伽蓝。至第二十五世满济，寺势凌驾其他四门迹，支配醍醐全山；此后，醍醐寺座主仅限于本院住持始能担任。应仁、文呶乱后，堂舍多毁，通海于醍醐旧址建立金刚轮院、灌顶堂。庆长三年（1598），义演改修诸堂，并增筑新殿、林泉。明治四年（18 71），门迹号被废止；十八年，获准恢复，迄至今日。寺宝甚多，有虚空藏菩萨像、木造弥勒菩萨坐像、《满济准后日记》三十八册、《义演准后日记》六十二册等，皆列为国宝。