“三区融合、联动发展”最初起源于杨浦区委、区政府2003年在论证杨浦知识创新区建设方案的过程中。围绕“知识杨浦”的发展定位，政府部门与高校经过无数次的思想碰撞和“头脑风暴”，提出了依托区内科教资源丰富的独特区位优势，优先发展现代服务业和
高新技术产业，通过大学校区、科技园区与公共社区融合和联动，全面提升杨浦区域创新体系的整体运行效率和城区经济和社会能级，进而推进城市经济社会和谐发展的理念。
同时，闵行区在
上海交通大学、
华东师范大学迁入及紫竹科学院建设过程中也对“三区联动”进行了深入的探索与实践。
根据杨浦官方的解释，“三区融合、联动发展”其本质是一种推进区域创新体系建设发展的战略工具和推进措施；其主要目标在于形成一个高效的区域创新协同网络体系；其重心在于构建区域创新主体之间的利益共享机制，探索形成一个区域发展的利益共享机制，达成三方的“利益相关者”角色确认；其难点在于形成区域可持续创新发展的内在动力。初期，地方政府无疑起着协调各方利益、推进“三区联动”的主导作用。
长期来看，大学、企业、社区组织之间的联动往往是基于一种共同的区域文化，或者是一种乐于合作、共享收益的创新生态圈，它的形成不仅仅是基于政府的引导，而更多地来自于一种当地的社会文化因素，是一种发自内在需求的创新生态联动，形成持久的联动。
三区联动的创新网络中，大学校区是“三区联动”的龙头，作为创新人才和创新科技的策源地，大学为科技园区提供创新人才、项目和手段，为整个区域经济社会发展提供智力支持；科技园区是学校与社会联动的桥梁、融合的起点，是大学师生和城区市民创新创业及就业的场所；公共社区是大学和科技园区
发展的保障基础，不仅为校区和园区提供公共服务，为创新人才创造一个适宜居住、休闲、交流的环境，更是创新创业人才发挥才智的空间，关怀现实、服务社会的场所。”
“三区融合，联动发展”因为融合产生沟通与碰撞，因为沟通与碰撞产生机会与共识、产生信任与合作，从而进一步强化了“三区联动”的动力与机制，不断推进区域的创新能力与创新活力。
创新带动了区域的发展，发展带来和谐，和谐进一步带来融合，循环往复但又不是简单重复的过程，推动城市中大学的集聚区形成了一个具有创造力的城市次区域空间。其中最核心的是融合，因为融合带来的是人与人之间的交流与知识的流动，又因为交往带来了碰撞，更重要的是人与人在碰撞中能激发创新的火花、创造的灵感，而且人与人之间的了解、信任还能带来合作。