三亚凤凰岛国际邮轮港于2007年正式建成通航，码头有8万吨级。

为解决港城发展相互制约、港区集散疏运不畅交通拥堵、各类船艇航行安全等问题，改善城市环境、提升城市形象，三亚在2005年启动了三亚港客运、货运和渔港“三港分离”工程，将货运港搬迁至距离城区约40公里的南山岬角，开辟建设南山港区，将渔港搬迁至崖州湾宁远河口西侧，建设崖州中心渔港，将三亚老港区的功能调整为以客运和海上旅游为主的客运港区，其客运功能搬迁到三亚凤凰岛国际客运港。

2016年，凤凰岛二期工程主体填海完成，形成人工岛。之后，因填岛造成水体交换能力降低，三亚湾西部岸线遭到侵蚀、珊瑚礁退化、三亚河污染加剧等生态问题持续显现。

2021年7月2日启动，2022年3月19日基本完成，历时260多天，凤凰岛二期工程被拆除，比拆除整改方案规定的2022年12月的完成时限提前9个多月。

2024年7月，中国港口协会统计数据显示，2024年上半年，三亚国际邮轮访问港旅客出入境吞吐量达54624人次，居全国首位。

三亚凤凰岛国际邮轮港通航，嘉年华、皇家加勒比以及丽星等世界知名的大邮轮公司纷纷选择三亚凤凰岛国际邮轮港，开通了数条经停三亚的航线，共接待380多个航次的国际邮轮。

三亚凤凰岛国际邮轮港只有一个的国际邮轮码头，无法同时接待同一时段停靠两艘以上邮轮，类似于亚洲最大邮轮——13.7万吨级的“航海家”号等超大型邮轮概因泊位小被拒停靠而与三亚擦肩而过。三亚凤凰岛国际邮轮港为进一步发展，为了响应国务院和省市政府关于大力发展邮轮经济的系列指示，三亚凤凰岛国际邮轮港二期工程正在紧锣密鼓筹建之中，包括新建3万吨级和10万吨级码头各1个，15万吨级码头2个及25万吨级码头1个。三亚凤凰岛国际邮轮港二期码头建成后，三亚凤凰岛国际邮轮港将能同时停靠6艘3万-25万吨级的国际邮轮，建设规模和建设水平将使其成为亚洲最大最好的邮轮母港之一。