三井寺位于日本大津市别所。为日本天台宗寺门派之总本山，与称“山门”之延历寺相对而称寺门。山号长等山。通称御井寺、三井寺。六七四年弘文天皇皇子大友与多王所创建。八五九年圆珍（智珍大师）再度兴建，作为延历寺之别院，且改别当之职称为长吏。

三井寺寺院位于日本大津市别所，为日本天台宗寺门派之总本 山，与称“山门”之延历寺相对而称寺门。山号长等山。通称御井寺、三井寺。

本来是修建在以比睿山为中心地带的“天台宗”派的寺院，公元13世纪，“天台寺门宗”派从比睿山的“天台宗”派分离出来，成为一个新的独立的宗派。坚固的石墙和寺门，仿佛叙说着它与延历寺（统辖“天台宗”派的寺院）抗争的历史。被指定为国宝级文物的“金堂”，供奉着“弥勒菩萨像”——据说“弥勒菩萨”是“释尊”（释迦牟尼的尊称）的继承者，将来会转世。此外，寺院内的“仁王门”（入口两侧供奉佛像、左右配置仁王像的神社、寺院门）、“三重塔”等建筑物，也被指定为国家重点文化遗产。这座寺院“梵钟”的声音之美妙动听，在古代文献中都有赞美的词句。寺院内种植了近1500棵樱花树，因而该寺院也是樱花盛开的名胜地。三井寺（园城寺）位于日本滋贺县，这里是作为近江八景之“三井晚钟”和关西第一的樱花观赏地而闻名的天台寺门宗的总本山。有被誉为国宝的金堂等许多重要文物。从观音堂眺望琵琶湖、大津市街道也很有名。

三井寺（圆城寺） 674年弘文天皇皇子大友与多王所创建。8日本天台宗五祖圆珍（智珍大师）853年来到唐朝，在天台山国清寺研习天台章疏。856年再次到天台山，在国清寺止观院建立一堂，题名“天台山国清寺日本国大德僧院”。 从唐朝回到日本后，圆珍于859年成为三井寺第一任住持长吏。作为延历寺之别院，且改别当之职称为长吏。应该正是此时，圆珍取自天台山“三井潭”的灵感将“圆城寺”更名为“三井寺”。然，未久与圆仁之门徒发生争斗，圆珍之门徒遂于993年撤离延历寺，而以本寺作为根据地。其后历遭烧毁，至1598年丰臣秀吉再建金堂，而由德川氏保护之。

天台寺宗门的大本山。院内保存有被称作阏伽井的井，据传天智·天武·持统的3帝出生时，就是用这里的井水洗净身体的。所以这里也被称作“御井寺”，后通称“三井寺”。

正殿金堂被指定为国宝，除此之外，释迦堂，三重塔，唐院等殿宇巍然耸立，共有国宝及重要文化财100多件。

2018年8月1日，日本大津市的天台寺门宗总本山三井寺（又称园城寺）开放“和空三井寺”的宿坊。

圆珍（公元八一四~八九一年）与圆仁齐名，二人之门徒发生意见冲突，遂 分日本天台宗为二大派别。现日本天台宗支派甚多，而圆珍之寺门宗，则以三井寺为本山，此一系有寺院二百九十四所，三井寺

亦为日本天台宗之一支派。圆珍四国赞岐人，空海（弘法大师）之侄孙，生于日本弘仁五年，十五岁入比叡山师事义真，二十岁受戒后，在山隐修十余年，日本仁寿三年（唐宣宗大中七年，八五三），入唐居长安，从佛教诸师，修习天台、密教、悉昙诸要义，在唐交流五年，于唐宣宗大中十二年（八五八）归国，带回佛教经疏一千卷，法器道具十六件，圆珍把圆仁的天台、密教并立的思想，发展而为圆劣密优，造成日本台密的兴盛时代，于唐宣宗十三年（八五九），应近江（滋贺）大友氏之邀请，入三井园城寺，以此处为天台宗之别院，所谓天台宗寺门派由此而始，其派又有龙渊旁流，创立者为证义，又有智寂旁流，创始者为良明。着有法华集论记、大日经指归等，乃入唐传密八大家之一，敕谥智澄大师。死于宽平三年，享年七十六岁。 日本佛教天台宗寺门派创始人。俗姓和气，字远尘。赞岐国（今香川县）人。空海俗甥。15岁师事延历寺义真，受菩萨戒，安居比睿山12年。因通达显密，博鉴他宗，被推为“一山真言学头”。853年入唐，于福州开元寺就存式学《妙法莲华经》、《华严经》、《俱舍论》，又从般若怛罗学梵语和密教。继至天台山国清寺，研习天台章疏。唐大中九年（855）至长安青龙寺，从法全受瑜伽密旨，受传阿阇黎位灌顶；又向大兴善寺智慧轮学胎藏、金刚两部秘法。翌年到越州（今浙江绍兴）开元寺，谒良 。复上天台，于国清寺止观院建立一堂，题名“天台山国清寺日本国大德僧院”，请清观住持。大中十二年携带经疏千余卷回国。依敕命住比睿山山王院，并屡次受请入宫讲经修法。越年移住山下三井园城寺，奏请为天台的别院；又创立唐院，收藏由中国带回的典籍。868年敕许以园城寺为传法灌顶道场，形成后来的寺门派。同年任天台宗第五代座主，职位僧教。教义上不同意圆仁所说圆密两者教理相同只是“事相”（仪轨等）不同的观点，认为密教比圆教（天台宗）优越。卒后追谥智证 大师。主要著作有《法华论记》、《法华玄义略要》、《大日经指归》、《讲演法华仪》等。所著《授决集》2集，后成日本天台宗寺门派教学的根本圣典。

义真即是初以沙弥身份，随最澄来华任其通译的人。最澄寂后，为比叡山第一代座主。根据大师遗志，于山上创建戒坛院，振兴大乘圆顿之菩萨戒。义真门下，则出有圆珍，后为第五代座主。

圆仁出于最澄之门，但他又于仁明天皇承和五年（西纪八三八，唐文宗开成三年）来华。在中国凡九年，正好赶上唐武宗会昌法难，目击沙门还俗者约三千人，佛像佛经，摧毁殆尽！然其在中国亲近的大德之多，范围之广，不让其师。他依终南山的宗叡学悉昙；从嵩山寺的全雅传受密教仪轨及曼荼罗等；于大兴善寺的元政受金刚界之大法；于青龙寺的法全传胎藏界之大法；又就醴泉寺的宗颖学止观法。会昌法难，圆仁险遭池鱼之殃，化装成道士身份，始逃出长安，而于承和十四年，返回日本。圆仁返日之后，一心发展比叡山的延历寺，先后建立总持院、定心院、法华三昧院、常行三昧院等，一时殿堂达于鼎盛。同时承最澄之遗业，推展了舍利会、天台大师供会、不断念佛会等的法会，开发了山门的基础。贞观六年，以七十三岁之高龄示寂，八年被谥为慈觉大师。其门下之有名弟子，则为安慧、慧亮、长意、相应、安然，尤以安然最为著称，深达圆密两教之奥旨，厌离名利之争夺。圆仁继定光为第三代座 主，其弟子安慧为第四代座主，第五代座主，则为义真门下的圆珍。