1920年3月，万选才尽收阎庄总局套筒枪11支，拉出13人，先到九女沟瓦房院落脚，后到嵩西花山揭杆起事。之后，万又收缴白杨树、海山镇、腾王沟、瑶店等局枪支，并收编田湖局全部人马。7月，
段祺瑞部西北边防军自洛阳逃往嵩县，夜宿桥北村，万闻讯即与张世臣等人连夜围困，得其带盖米腊枪700余支。队伍发展至900余人，枪800余支。
同年8月，万选才率部进入陕西，就任
憨玉琨部营长。1921年擢升团长。1925年“胡憨大战”，憨玉琨兵败自杀，万选才相机收拢憨部散兵500余人与原有人员合编为混成旅，自任旅长。
1926年2月，
岳维峻、
李虎臣率10万余众向陕西退却时，在陕州(陕县)一带被
镇嵩军击败交械投降。万在陕州附近缴枪1万余支。同年3月，万随镇嵩军围攻西安8个月未克，11月撤回河南。万奉令殿后收容残兵。及到洛阳，万部已扩充到6万余人。
1927年春，镇嵩军投靠
冯玉祥，万任第二集团军第八方面军第一军军长兼师长。1928年4月，率部由兰封、考城渡河占领濮阳，又经清丰、南乐攻克大名，并追至大沽口一带。之后，部队缩编，万部由军缩编为师，驻河北省廊房、杨柳青一带。
1929年秋，万选才任洛阳警备司令。1930年春，
蒋介石、
冯玉祥、
阎锡山中原大战，万任冯第六路总指挥。不数日，
韩复榘撤出开封，万选才即任河南省主席兼第六路总指挥。
1930年5月20日，蒋军
刘峙部在商丘一带偷袭万部，师长万殿尊被俘。万选才得知后，连夜返开封，次日轻装赴前线视察。不料
刘茂恩早已蓄谋投蒋，指示六十五师师长武琪峰，以“欢迎”为名将万扣留，当夜解往南京。