1948年初冬的北平，守城的国民党108师副师长田子恩接到密命，在北平主要的名胜古迹附近全部开掘出地道或暗室，并提前埋装炸药。北平一旦失守，同时引爆。到时候，共产党接收的将是一座死城。仁济医院的护士林倩如在上夜班路上被一群流氓堵截，关键时刻被一名青年周伯勋搭救，林倩如在和周伯勋的交往中对他产生了好感，但周伯勋的行踪却显得十分神秘。
汪遵熹写《密令1949》的创作灵感来源于上世纪50年代电影《
国庆十点钟》，汪遵熹在编写剧本前，采访了很多当年的老公安，查阅了大量新中国成立初期反特案件的资料。对于拍摄《密令1949》的初衷，制片人表示《密令1949》是国家话剧院拍摄的第一部电视剧，在拍摄的时候就对它有一个定位，希望拍摄一个商业性强的主旋律作品。
《密令1949》在服装、布景等方面都做得比较精致，为了突出悬疑的特色，保持神秘的氛围，该剧通篇都在一种较暗的色调中。因为反特剧剧情方面的需要，地下党的很多工作都发生在晚上，该剧的导演故意把画面做得比较旧，让整个剧更有年代感的氛围。
与以往众多反特片不同，《密令1949》没有流于一环扣一环的情节之中，而更加注重人物刻画的准确鲜明。剧中角色无论是公安人员、教授、神父还是间谍、特务的刻画都有其独到的设计，不少人物往往是以一种“表里不一”的特殊身份出现，增强了其性格的复杂性和丰富性，由此引出悬念，几乎每集都会留下一个待破解的“谜团”，吸引观众的注意力。（搜狐娱乐评）
剧情虽然纯属虚构，但编导对剧中涉及的时代背景、历史事件（如“北平和平解放”、“镇反运动”）都进行了认真的研究调查，使整个故事营造在真实可信的历史氛围之中。（新浪娱乐评）