惠爱医癫院创办于清朝光绪二十四年（1898年）二月，距今一个多世纪了。 创办人叫约翰・克尔，是美国俄亥俄州的基督教长老会牧师，出生于1824年。1854年间来广州行医和教学，长期在广州
博济医院（现今之孙逸仙纪念医院）担任院长之职。
创办人叫约翰・克尔，是美国俄亥俄州的基督教长老会牧师，出生于1824年。1854年间来广州行医和教学，长期在广州博济医院（现今之孙逸仙纪念医院）担任院长之职。孙中山于1885年从香港来广州时，曾访问过约翰・克尔，受到他的器重，并在该院学习医学一年之久，故此孙中山先生的《伦敦遇难记》中也有叙述说：“其民族革命之思潮，实成于该院实习医术之一年。”从约翰・克尔为师，可见这一年的学医，对孙中山思想上影响是非常之深。同时也看到了约翰・克尔是一位开明的外国传教士。
在19世纪末，中国还没有一间专门为患有精神病治疗服务的医院。从来患上精神病的人无法医治，只有流浪于街头，如有侵扰别人行为时，就被人们将他囚禁在家中，病人时常遭虐待、嘲笑打骂。当时人们不知道是一种病症，均误认为是魔鬼邪气所侵袭而引起的，唯一的办法是求神保佑。
约翰・克尔亲眼见到这种凄惨的情况，便立志创办一间专门为患有精神病的不幸之人解决痛苦的医院。但他也受到了很大的阻力，如开办经费之不足，并且也遭受到当时的两广总督张之洞的阻挠。约翰・克尔却自己出资在上芳村大沙地购了17亩的土地，初步建立起“惠爱医癫院”（民间习俗称之为“癫狂院”），这是广州精神病院的前身。当时只设病床30张以收治病人。该院是在1898年2月28日正式开业，开业那天仅有两位精神病人（一男一女）入院医治。根据克尔夫人的记述说：“1898年2月28日，一群人簇拥在医生周围，有人背着一名精神病人，有人用锁匙打开铁锁。”这便是中国历史上破天荒出现首例精神病人接受专科治疗的情况了。
到了1924年间，医院不断扩建并且也得到了社会上的捐助，那时该院已拥有土地70亩，都是社会上的热心人资助的。到了日军侵华的1938年，广 州沦陷了，医院的医生护士和工作人员纷纷离散，多数病人也因缺乏医疗费及伙食费，患上了水肿、肺炎和痢疾，死亡率达到80%，当时留院人数由800人锐减至100人，医院处于半停顿之境地。