2003年7月，广州市开展第四次文物普查工作，原芳村区文化局组织文物调查员对辖区内的文物资源进行搜查工作，经过近一年的反复调查和现场勘察，在市文物考古研究所的专家帮助下，终于在原广州果子食品厂的工地上，挖掘出土烟雨井的遗址，见证了旧羊城八景之一的“大通烟雨”所在地，这引起了广州市民的关注，千年古井重见天日。

宋政和六年（1116），经略使觉民题“大通慈应禅院”匾额，大通寺因而得名。清康熙六年（1667）郡人萧子奇捐资重修大通寺，并在烟雨井旁新建六角亭、烟雨楼，供游人观景和休憩。

清同治《番禺县志》载：“烟雨井在大通寺中，晨熹初散，常袅轻烟，所谓大通烟雨是也。”旧羊城八景，从《双桂堂真本》所载：“寺中有龙霞井（烟雨井）朝出霞雾，四面遮盖，海上风帆，影落井中。两岸青山绿水，一派幽雅奇观，乃仙城八景之第二胜地也。”据传，烟雨井源通白鹅潭，一次寺中挑水工不慎把扁担掉落井中，后来在白鹅潭水面上发现，故有：“扁担放井流，白鹅潭上收”的民谣。又传，烟雨井在风雨来临之前，井中冒出大量烟霞；天气晴朗时，从井中可以看到白鹅潭江面的帆影。夜深人静，从井口可以隐约听到白鹅潭传来弦歌之声。

巍峨壮观的古刹大通寺，神奇变幻的烟雨井，在历史长河中经历宋、元、明、清几个朝代，都被列为旧羊城八景之一的“大通烟雨”，实属罕见。历代骚人墨客、名士，对大通烟雨名胜古迹题咏赞颂，留下不少瑰丽的诗篇。其中有：明代郑懋纬写的《大通烟雨》诗一首。

积雨迷江岸，炊烟逗草莱。

鸥群飞不见，帆影望中回。

清代胡高德《岭南名胜记》中有描述大通烟雨的诗：

南来丝雨浑江烟，远接瀛洲近接天。

海色四周无税地，香浓百亩有花田。

云凝树杪绕归鸟，水长潭深任放船。

有脚阳春风景阔，甘霖何幸沛山村。

康有为对芳树花埭（地）情有独钟，在大通烟雨胜景的南侧建有康园和康宅，并在康园的“小蓬仙馆”内写下了《人日游花地》一诗，对烟雨井咏物抒怀：

烟雨井边春最闹，素馨田畔棹方迥。

千年花埭花犹盛，前度刘郎今可回。

民国初年，广州社会动荡，治安恶化，经济萧条，曾是广州游览胜地的大通烟雨，日渐衰落游客稀少，古刹惨遭破坏，成为盗匪栖身之地。1939年初，日寇占领芳村同安坊，将大通寺内的天王殿、大雄宝殿拆毁，用其砖、木料修筑炮台和碉堡。烟雨井也被断砖残瓦壅塞，千年古迹终被毁为废墟。1953年，广州市信用合作总社在该遗址兴建了广州市农产品加工厂。1956年，该厂更名为广州果子食品厂。建厂初期，由于厂房位于珠江岸边的低洼地，故将厂房地面填高一米多，以防洪水。于是把荒废的烟雨井也一起填埋了。1958年，该厂在珠江岸边修筑码头，又将原大通寺的四柱三间的“大通烟雨”石牌坊拆毁。1998年，广州果子食品厂易地建厂，将原厂址开发建“恒荔湾畔”房地产小区。2004年7月，广州市文物考古研究所考古队员经过2个多月挖掘，终于将“烟雨井”挖掘出土。在清理古井内及周边地带，出土一大批从宋代至清代的陶瓷器皿和钱币。有些瓷器的底部还清晰地刻有“大通烟雨”的字样。在钱币中，以“咸丰乾亨”的铅币最多，足有上千枚。这些珍贵陶瓷、钱币、见证旧羊城八景之一——“大通烟雨”的历史文化底蕴。

被填埋的“烟雨井”，位于原广州果子厂包装车间地面下约一米深处，出土后经测绘丈量，井口呈园形，由石构件组成，外径为102米，内径为082米。井内由15层石圈构筑，每层石圈高约30厘米，井深约5米。石圈均由白色砂岩打凿而成。2004年10月，广州市文化局组织10多名省、市文物专家到出土现场进行鉴定和评审。经专家评审，一致认为：“该古井结构简朴，造型和构件体现宋代建筑风格和特色，是广州市继发现粤王井后又发现极具文物价值的古井，且具有深厚的历史文化底蕴”。2005年7月，“烟雨井”被广州市人民政府列为“登记保护文物单位。