所谓HTML格式的邮件，是指一类像网页一样的邮件，它包含有HTML（超文本）链接，单击链接可以转到其他页面，可以有图片，声音等。对比普通的文本邮件，HTML格式的邮件，可以使得邮件内容多姿多彩，除文字外，还能有声音图像链接等等。

大多数电邮用户是支持HTML邮件的，甚至默认它。不少用户还包含有GUI（图形用户界面）编辑器以方便用户构建HTML电子邮件。根据线上市场公司调查，采用HTML电邮的用户现今已经很普遍，且不少用户也喜欢通过纯文本接收HTML电子邮件。

邮件软件符合性规定依据为 RFC 2822，只支持纯文本，而不是格式化的HTML。发送HTML格式的电子邮件可能因此导致收件用户不兼容它。糟糕的情况是收件人只能看到HTML代码而不是所希望的讯息。

那些支持HTML的电子邮件客户端，若没有赋予统一的规范，许多HTML电子邮件也是无法兼容的，甚至出现错误，特别是Gmail的用户。

一些发件人邮件中喜欢采用多种字号、多种颜色，甚至多种字体，对于那些有严格格式要求的用户邮箱来说，这样却增加了讯息的阅读难度。一些用户代理允许读者部分重写文字格式，譬如，Mozilla Thunderbird允许将收到的邮件文字默认指定为最小的字体。但是，该功能并不是全球通用的。

许多电子邮件服务器被设置为自动生成纯文本信息，并将其与HTML版本一起发送，以确保它至少可以通过纯文本的电子邮件客户端使用Content-Type来阅读。多部分/备选类型的邮件包含两个部分，第一个部分是纯文本客户端读取的文本/纯文本，第二个部分是带有HTML/HTML的客户端读取的文本。纯文本版本的邮件有时可能会丢失重要的信息，譬如，一个数学方程可能会失去上标，并产生了另一个全新的含义。

许多邮件列表故意阻止HTML电子邮件，或者删除HTML部分，只留下纯文本部分或干脆拒绝整个邮件。

一般来说，多部分/替代邮件用户代理会按照优先级递增的顺序来设置正文部分，也就是说，首选格式是最后一个。对于带有html和纯文本版本的多部分电子邮件，这意味着优先列出纯文本版本，之后列出html版本，否则即使html版本可用，客户端也可能默认显示纯文本版本。

HTML电子邮件比纯文本大。即使没有使用特殊的格式， HTML文档中使用的标签也会产生开销，如果格式化过度使用，可能会高得多。邮件多部分的消息，作为内容相同但格式不同的副本，则会进一步增加邮件的尺寸。

20世纪90年代，大多数用户通过服务器调制解调器来访问电子邮件，网速极其缓慢，明文和混合邮件的下载时间差可达十倍甚至十几倍以上。但对于今天的大多数人来说，与图像，音乐文件或其他常见的附件相比，这种差异已经显得微不足道了。

HTML允许将链接显示为任意文本，而不是完整的URL，一个链接可能只显示其中的一部分或只是一个易于用户识别的目标名称。这可能被用于钓鱼式攻击，譬如，用户可能误以为链接指向的是权威来源（如银行）的网站，去访问它，结果无意中给骗子透露了重要的个人信息（如银行账号）。

HTML内容要求电子邮件程序使用引擎进行解析，并呈现、显示文档。这可能会导致更多的安全漏洞、拒绝服务或旧电脑性能降低。

在网络威胁增加期间，美国国防部曾将所有传入的HTML电子邮件转换为文本电子邮件。

多部分类型旨在以不同的方式显示相同的内容，但这有时会被滥用；一些垃圾电邮利用这种格式来欺骗垃圾邮件过滤器，使其相信邮件是合法的。他们通过在消息的文本部分包含无害内容并将垃圾邮件放入HTML部分（向用户显示的部分）来实现这一点。

出于以上原因，大多数垃圾电子邮件都使用HTML发送，这导致一些垃圾邮件过滤器会自动增加HTML邮件的过滤级别。