DIP：蛋白相互作用数据库（Database of Interacting Protein，DIP）研究生物反应机制的重要工具。DIP 可以用基因的名字等关键词查询，使用上较方便。查询的结果列出节点 (node) 与连结 (link) 两项，节点是叙述所查询的蛋白质的特性，包括蛋白质的功能域（domain）、指纹（fingerprint）等，若有酶的代码或出现在细胞中的位置，也会一并批注。连结所指的是可能产生的相互作用，DIP 对每一个相互作用都会说明证据（实验的方法）与提供文献，此外，也记录除巨量分析外，支持此相互作用的实验数量。DIP 还可以用序列相似性（使用Blast）、模式 (pattern) 等查询。至2002年6月，已收录了约一万八千个蛋白质间的相互作用信息条目。
BIND所收录的资料较少，不过其呈现的信息方式比DIP 要实用，除了记录相互作用条目外，还特别区分出其中的一些复合物及其反应路径。因为复合物与反应路径中含有多种相互作用，所以至2002年11月就收录有的相互作用总数约一万一千多条。在BIND中所记录的内容与DIP 相似，包括蛋白质的功能域、在细胞中表达的位置等。对于蛋白质间的相互作用，以文字叙述的方式呈现证据，并提供文献的链接。BIND 这种区分出复合物与路径的做法，让使用者能节省许多解读数据的精力，这是比DIP 强的地方；在查询接口上，除了可以用关键词、序列相似性等搜寻外，还允许使用者浏览数据库中所有的资料。BIND在收录资料时主要是利用文献，他们提供PreBIND 这个工具，使用者可用PreBind 浏览他们正在处
PubGeneTM是一个文献数据库，收录可能有关的基因或其蛋白质产物。它利用的假设是：两个基因的名字若出现在同一篇文章内，就可能代表它们相关，因此计算同时出现某两个基因名字的文章篇数，可作为其收录的准则。这个数据库分别收录了人类、小鼠、大鼠中，已知基因的所有两两组合。虽然这样的做法，无法精确地区分两个基因是因为出现在基因组上的邻近位置，或是有相似的
基因表达模式，或是蛋白质间可能有的相互作用，却可有助于使用者研究感兴趣但在DIP、BIND中找不到的
蛋白质。