ZGMF-X999A是作为ZAFT军新一期主力MS——ZGMF-1000 Zaku Warrior的先驱而
开发的
量产试作型机体，其最大特征是搭载了因中子干扰消除器而使动作得以保证的核引擎。由于X09A、X10A、X11A、X13A等高达系机体的出色战绩，ZAFT决定将核引擎作为次世代MS的标准搭载配置，并着手进行本机的开发工作。本机与ZGMF-1000 Zaku Warrior主要的不同点是：搭载了以核引擎供给丰富电力为前提的PS装甲及高初速大口径电磁炮。由于该
电磁炮发炮时炮身会在机体腰部振动，所以Zaku Warrior废除了这项武器，并在空出来的腿部两侧装备了手榴弹用托架。另外，本机的背部配备了两把DFX25高周波刃斧以代替MAM8型光束斧。本机与Zaku Warrior的基本构造几乎完全相同，标明了它是以量产配备为前提而制造的机体；但是，与旧世代的主力机ZGMF-1017 GINN的构造酷似的头部形状，表示出本机的设计思想仍处于技术上的过渡期。另外，因为尤尼奥斯条约的约束，Zaku Warrior不能使用核引擎，因而没有装备PS装甲。
由于尤尼奥斯条约规定禁止开发及配备搭载核
引擎的MS，X999A的开发不得已终止了。此时已制造完成了47架机体，这些机体在细微处稍有不同。在官方记录上，由于条约的生效，X999A全部被解体并废弃了，但记录的可靠性非常值得怀疑。实际上，有许多目击者证言亲眼看到了很多未解体的机体存在。
本机由ZAFT军统合了原先独立的许多设计局后组成的机动开发组开发，其核心为旧凡尔纳设计局的成员。由于旧凡尔纳设计局的高技术水准，核引擎的开发运用水平极高；另外，关于X999A的开发，还应该铭记住那些极优秀的测试机师的贡献。尤其是旧凡尔纳设计局的机师科特尼·夏罗尼姆斯，他以民间人的立场活跃于PLANT的各方面而广为人知。然而奇怪的是，关于夏罗尼姆斯的经历除了他出身于旧凡尔纳设计局外，几乎所有的记录都被抹消了，可谓是由幻之机体诞生出来的幻之机师.